明朝精锐大军正在宁夏如火如荼进行平叛，宁夏巡抚朱正色、甘肃巡抚叶梦熊、监军御史梅国桢，大将刘承嗣、董一奎、李如松先后抵达。六月初，明军再次发动攻城，仍连战不下宁夏镇城。
四镇总督魏学曾派使者叶得新招降哱拜叛军大将刘东旸、许朝，命二人杀死哱拜父子以赎罪。刘东旸、许朝等叛将将计就计，诓骗使者叶得新入城，打断使者叶得新小腿，关入狱中。
刘东旸、许朝等叛将要求官军再派使者商议，宁夏巡抚朱正色认为叛将有心归降，派曾经总管宁夏军的张杰进城招降。结果叶得新骂贼遇害，张杰也被扣压。
魏学曾、朱正色招降叛军大将不成，却无心插柳柳成荫。叛将百户姚钦、武生张遐岭等见叛军难成气候，在宁夏镇城中用箭将一信射到城外，相约为内应，半夜点火为信号。
火点后，城外的官军未到。官军两次上当，也不敢轻信叛军再次上当。投诚叛军将领与姚钦同谋的五十余人被杀死，姚钦慌忙缒绳出逃城外明军大营。
哱拜叛军对进剿官军假意要求抚恤以为缓兵之计，暗地里与盗匪勾结，然而城中粮食已吃完，形势更为不利。魏学曾因请求安抚叛军，被皇帝朱翊钧严词责备。
七月，魏学曾与叶梦熊、梅国桢定下计策，决黄河堤坝，以水灌城。黄河水冲到宁夏镇城下。河套诸部著力兔歹成台吉、庄秃赖率三万骑兵进犯定边、小盐池，以铁雷为前锋，另派宰僧领一万骑兵从花马池西沙湃口进攻，声援哱拜。
麻贵在右沟成功将其阻击，使其分路赴下马关及鸣沙州。魏学曾命游击龚子敬扼守沙湃口，征延绥总兵官董一元捣毁铁雷巢穴，斩首一百三十余级，河套诸部大惊而走。在沙湃口包围龚子敬，龚子敬战死。
宁夏哱拜叛军至此失去外援，被迫困守宁夏镇城，拼死抵抗，明军也没有立即展开进攻，只等城中叛军内讧生变，再一举攻克宁夏城。
朝鲜使节李德馨奉命赶到辽阳城屡次上书明朝辽东巡抚郝杰，并在巡抚帐下日夜痛哭不走，堪比申包胥哭秦庭。随着朝鲜王李昖君臣渡海内附大明，大明朝廷开始接手朝鲜军政事务。
朝鲜八道沦陷，只剩下平安道北部靠近大明辽东都司鸭绿江一带被宽甸副总兵佟养正出兵夺回，咸镜道已被加藤清正第二军团攻陷，朝鲜世子李珲率领的分朝逃亡被囚讷殷部，朝鲜名存实亡。
大明朝廷内部宁夏叛乱尚未平定，又不得不接手朝鲜烂摊子，以兵部尚书石星为首的主战派提出：“倭寇之图朝鲜，意实在中国，而我兵之救朝鲜实所以保中国。”
内阁代首辅赵志皋按照皇帝朱翊钧旨意命兵部尚书石星调兵遣将出战，大明朝廷出现两种军事分歧，朝廷以次辅张位、兵部尚书石星为首，地方以及辽东巡抚郝杰为代表提出从辽东出兵进攻侵朝日军，张位提出吞并朝鲜未获准。
朝廷以首辅赵志皋、户部尚书杨俊民为首，地方以浙江巡抚常居敬、福建巡抚张汝济、台海游击将军陈瀚为代表提出浮海征伐日本，直捣黄龙，永绝后患。
大明朝廷内部为援朝还是征倭展开激烈辩论，朱翊钧、赵志皋君臣顺势引导，成功将朝臣目光从立储一事上转移到朝鲜战事上。
朱翊钧下旨兵分南北两路大军进攻日本本土及侵朝日军，北路以辽东巡抚郝杰为总理征倭大军粮草辎重，辽东总兵杨绍勋率辽东兵五千出征朝鲜倭寇，并节制朝鲜兵马。同时征调建州卫左都督努尔哈赤五千建州兵，共计一万兵马。
南路为征倭主力，以福建巡抚张济汝为征倭总理，坐镇福州调集粮草辎重。启用前狼山副总兵老将陈璘暂代征倭总兵，统率浙江、福建、两广两万五千大军浮海征伐日本本土，直捣黄龙。
朱翊钧下旨命台海游击将军陈瀚为征倭水师提督（临时官职），统率台海游击将军府三万大军协助征倭总兵陈璘渡海征伐日本。并许诺攻灭日本后，封陈瀚为东瀛大都督，统兵镇守东瀛，永绝倭患。
台海游击将军府治下也开始热闹起来，从国朝不断渡海前来台海的游侠多不胜数，明朝侠风盛行，最出名者当属掌控大明朝政的邵大侠。
邵大侠曾自请协助徐阶起复，徐阶不纳，后转投高拱。最终协助高拱再入内阁，掌控朝政。高拱下台之后，邵大侠为张居正不容所杀。
东洋商行招募探险队告示在国朝沿海各城一经张贴，游侠儿、江洋大盗等艺高人大胆之徒纷纷闻讯渡海赶来台海城，应聘者如云，不下三千余人。陈瀚指示毛文龙、曾大牛悉数招募进探险队。
东洋商行迅速组建起来，拥有武装战船三十八艘，武装人员三千余人，都是些艺高人大胆的穷凶极恶之徒，更有不少是在国朝行凶逃出海的通缉犯，纷纷被陈瀚收入麾下东洋商行武装殖民探险队。
东洋商行总部设在台海城，在李建秀、毛文龙、陈申、曾大牛主持下在淡水县港口码头举行放洋仪式，曾大牛、毛文龙为武装探险队队长兼总管事，两人分别统率十六艘新式福船武装船队搭载佛朗机炮放洋出海北上琉球国。
陈申也带着两千余挑选的强壮军民及数千石粮食、土豆种、红薯种，随行北上，准备在虾夷建立据点，阻止丰臣秀吉向虾夷大举扩张，从北方牵制臣服于丰臣秀吉的最上氏、南部氏及伊达氏兵力。
负责统率南路征倭大军进攻日本本土直捣黄龙的暂代征倭总兵陈璘从老家韶州府翁源县带着数百家丁亲兵南下广州府，带着两广五千精兵北上福建省城福州，深谙官场的陈璘忙去拜揭上司福建巡抚张汝济商议出兵征伐日本之事。
张汝济对陈瀚不前来福州府拜揭自己颇为不满，更是对陈瀚拥兵割据海外，不断招收逃亡军户、流民迁徙海外不满。以右副都御史巡抚福建的张汝济接连不断往死里上奏弹劾陈瀚不法之事，但都犹如石沉大海没了回音。
张汝济向陈璘面数陈瀚不法之事，向陈璘面授机宜，要求陈璘依计行事。贪财的陈璘自己就没少干违法乱纪之事，早已深谙官场的陈璘满口应承着张济汝，随即率一万余大军渡海前往台海城。
浙江参将骆尚志、左营游击将军陈寅（又称陈烎）、右营游击茅国器、福建水师千总沈有容、千总王望高等东南沿海骁勇善战将领纷纷率军渡海赶来台海城汇合。
渡海前来的明军被陈瀚派李阿岚安置在新设置的淡水县县城外，大明水师战船纷纷停泊在扩建后的淡水港中，明军在淡水城外连营数里，淡水县的治安问题也凸现出来，幸得陈瀚派一千大军前往淡水县维持治安。
台海游击将军府大堂中，南路征倭大军各省将领纷纷赶来齐聚一堂，王旭带着侍卫忙着为一众将领斟茶。
一身山纹甲身披大红披风，花甲之年的老将陈璘带着六名亲兵虎虎生风进大堂来。
“标下恭迎总兵大人”一众将领纷纷起身见礼，陈瀚站在左下方也跟着众将恭迎见礼，见征倭代总兵陈璘胡须都白了，倒是老当益壮，走路都带风。
“众将免礼”陈璘大红披风一扬端坐上位，六名亲兵立于左右下方，陈璘目光扫视众将问道：“台海游击将军陈瀚何在？”
陈瀚忙出列见礼道：“标下在”
陈璘打量着未及弱冠的陈瀚问道：“陈游击打算出兵多少啊？”
“五万大军”
“五万，这么多。”众将闻言无不惊叹不已，国朝一时都难以调集五万大军，陈瀚一个镇守海外的游击将军居然有如此雄厚实力。陈瀚这个台海游击将军就有些不伦不类，说是国朝将领，却又与土司相似。
陈璘原本不过是想试探一番，看看这位本家是何居心，陈璘闻言深感震惊问道：“可是实数？”
“正是”陈瀚忙禀道：“标下接到朝廷渡海征倭军令后，已先期派遣三万大军前往琉球国，尚有两万大军随国朝大军渡海前往琉球国，标下已在琉球国今归仁城建立辎重补给地，只待朝廷大军渡海赶来。”
陈璘长满皱纹的老脸为之一喜赞赏有加道：“想不到陈游击早已部署周详，老夫倒也省心了。”
“听闻陈游击是在东瀛起兵，为丰臣秀吉所败才浮海南下据有东番。”却见一名五十来岁身形较瘦的老将看向陈瀚笑容满面道：“此番朝廷大军渡海征伐倭国，陈游击应该是期待已久了吧。”
陈瀚目光看向一张瘦猴脸透着一股阴狠劲的老将，一将成名万骨枯，在场一众武将谁不是靠着军功摸爬打滚爬上来，没有股狠劲如何能上位，陈瀚朝着那员老将问道：“不知这位老将军如何称呼？”
“福建水师千总王望高见过陈游击”王望高朝着陈瀚拱手见礼，眼神中却是带着一丝不满，陈瀚与福建水师提督施德不对付，福建水师将领自然对陈瀚多有不满，向上司提督施德看齐不会有错，否则以后还怎么在福建水师中混下去。
陈瀚恍然大悟，尴尬笑道：“原来是王千总，我说怎么这么眼熟啊，原来我们早已有过一面之缘，幸会啊，王千总。”
“幸会”王望高也是尴尬一笑，心说幸会个屁，我们福建水师都被你小子骂跑了，还被赵军门调到浙江避开你小子。
骆尚志带着几名浙江将领上前朝着陈璘单膝跪拜见礼道：“标下浙江参将骆尚志（游击将军陈寅、游击将军茅国器、……）参见总兵大人”
陈璘忙挥手示意道：“众将免礼”
“谢总兵大人”骆尚志随即带着陈寅、茅国器起身回坐
沈有容同几名福建水师将领也上前见礼道：“标下福建水师千总沈有容（王望高……）参见总兵大人”
一众将领纷纷参拜见礼自报军职姓名，陈璘一一见过众将后道：“我南路大军奉旨浮海征伐倭国，今日召集众将商议出征倭国作战方略，众将都畅所欲言，献出征倭方略。”
“是”一众将领纷纷称是
沈有容忙向一旁的女婿陈瀚小声提醒道：“福建水师将领对你有成见，别与他们一般见识。”
“我岂有不知”陈瀚见一众将领纷纷叫嚷着愿为先锋直捣黄龙，心说就你们这点兵力能在九州站稳脚跟就不错了，丰臣秀吉在名护屋十五万预备役是吃素的。