由于黄河绝口之水障的形成，骤然出现的洪水加上连日暴雨的缘故，正由兰封一线继续西进的日军各部队均停被迫止了追击作战。其中土肥原的第14师团的一部被洪水围于中牟县城，几近陷入危急，若不是第2军组织了1个工兵联队、6个工兵中队的救援队，用大批舟艇援救被困部队，恐该部定是不测。
尽管救援队竭尽全力，日军还是遭受了一定的损失，位于黄河泛滥区中心的日军第16师团一部来不及撤走的车辆、火炮、战车等重武器及大批物资几乎全被洪水所吞没，一批第16师团官兵被洪水冲走、淹死。位于泛滥区以东的日军也迅速后撤。被洪水隔于新郑以南的第16师团步兵第30旅团的5个大队只能就地组织防御，靠空投解决军需物资，最后由日军第2军派出的船艇队将其撤回。
对于国民政府第1战区来说，决堤造成黄河水障，确实起了阻止日军第2军西进的作用，摆脱了被追击和与日军血战的严峻局面，并暂时保住了第1战区所在的豫中、豫西等地区；但就战略范围而言，水障既未能阻止日军进攻武汉，也没有推迟武汉会战的时间。
恰恰是在决堤放水，以黄河阻滞日军前进的期间，日本内阁、大本营在6月15日的御前会议上一致通过决议，统一意见，决定进攻武汉。只不过由于黄河绝口的原因，是主攻方向不再由平汉路南下，而是沿长江西进。
其实即便日军第2军不受黄河水障所阻，在日本大本营未决定进攻武汉、其国内新扩建的1个师团未派至中国和调整部署以前，第2军也不可能单独地进攻武汉。无论是实力还是作战后方的巩固方面。第2军都没有这样的实力进行作战。
而本来日军进攻武汉地主攻方向起初就有两种选择，甚至就是国民政府在《对武汉附近作战之意见》中也判断出了日军进攻武汉的路线有三种可能，而最有可能的作战就是沿长江西进。这条进攻路线相比之下，更能充分发挥日陆、海、空协同作战地优势。
至于日军方面。虽已占领了郑州，但日本大本营也没有做出由平汉路南下的方案选择，华北敌后战场地开辟。各抗日根据地的建立，广泛的游击战地展开。都使得平汉线南下的作战充满了困难。游击力量的存在经常使平汉路北段交通一度中断，如日军以平汉路为主攻方向，则不仅海军毫无用武之地。更重要的是要保障以平汉路为后方补给交通线地畅通，必需有大量兵力，这比保障长江畅通要困难得多。
而更重要的是，事实上放弃平汉路南下进攻武汉的方略，而沿长江及淮河西进进攻武汉的构想，早在花园口决堤之前，日军在下令徐州作战时的初期，大本营已经有了腹案。
这个腹案是令日军“以攻占汉口为目的。向南京----汉口-岳州间长江及其沿岸”的作战思想为准备的，从5月以后，日本海军就已经开始陆续给中国方面舰队增强了兵力，以便协同陆军进攻武汉。而在6月3日，海军军令部又发布命令：“控制长江下游大部水域，保证其交通安全”，同时还有一道命令是“攻击南京上游地安庆”，作为进攻武汉的前进基地。
黄河决口，固然使得日军华北方面军违背大本营指示，独自越过限制的追击被挡住了。使日军进行武汉会战的进军路线也改变了。退至郑州一带的第1战区的中**队也从容不迫的完成了撤退。可是数十万中国国民却因此而丧生。
此举也使得国民政府很清楚的意识到在政治、经济、道德、舆论上的影响力，所以在掘口放水的同时。第1战区长官司令部就对外宣传：“敌占据开封后，继续西犯，连日在中牟附近血战。因我军誓死抵抗，且阵地坚固，敌终未得逞，遂在中牟以北，将黄河大堤掘口，以图冲毁我阵地，淹毙我大军。”
而6月11日坐镇武汉地委员长又致电第1战区司令官长官-程潜，其着重指令三点：须向民众宣传是敌机炸毁了黄河堤。须详察泛滥情况，利用为第一线地阵地障碍，并改善我之部署及防线。第一线各部须同民众合作筑堤，导水向东南流入淮河，以确保平汉线交通。
当日军第14师团、第16师团沿陇海路向郑州方向进攻时，拥有数十万主力部队的第1战区竟报请最高统帅部批准，炸开花园口黄河大堤，以制造水障来阻止日军地西进。虽然多数人都认为此举的军事作用显著，既保住了豫中、豫西及陕西等大片国土不被日军占领，又推迟了日军进攻武汉的时间表，然而在周成仁等基层军官们看来，此举使豫、皖、苏3省40个县市的地区沦为泽国，数十万人葬身洪流，上千万人流离失所，这样的代价未免过大了。
6月15日，日本大本营下令关东军的混成第3旅团及混成第13旅团调返回东北。17日第2军进行了重新部署，第14师团在开封、兰封集结，第16师团在杞县、睢县、宁陵间集结。第1师团主力在夏邑、会亭集、永城附近集结。并以一部兵力尽可能长期保持柘城、鹿邑、亳州、涡阳地区。
此时的日本大本营做出了如下调整，不是因为别的，而是直向目标指向了，地处中国中部的江汉平原，东接苏、皖，西邻巴蜀，南连湘、粤，北毗豫、冀，平汉、粤汉铁路和长江、汉水交会的水陆交通枢纽-武汉。
自民国26年11月开始，国民政府的一些重要部门从南京迁至武汉，武汉便成为了中**事、政治、经济的中心，其战略地位极为重要。早在日军攻占了南京之后，日本大本营即开始研究进攻武汉的问题。而当时考虑的方针是：首先打通津浦线，沟通南、北两个战场，尔后攻占郑州，切断平汉路，再向武汉进攻，同时攻占广州，切断中国的海上补给线。
但日本陆海军方面在共同研究后认为在华兵力暂时不足，必须增建军队和作一段时间的休整，才有可能采取行动。因而大本营一方面让侵华日军进行休整和调整部署，另一方面积极进行国内增建师团的动员工作。到民国27年4月初，日本大本营决定实施徐州会战时，同时也决定实施武汉会战，大本营方面不仅令陆军在制订徐州会战计划时要“预想到会战以后的形势，要将武汉会战的实施也考虑进去”，而且令海军“以攻占汉口为目的，向南京----汉口----岳州间的长江及其沿岸准备作战”，并于5月间陆续给中国方面的舰队增强兵力。
6月3日，大本营下令海军“控制长江下游大部水路，保证交通安全，可先攻占南京上游的安庆，作为进攻武汉的前进基地。”而早在5月底的时候，日本大本营便拟定了当年秋季攻占汉口和广州的作战指导大纲，认为攻占汉口是早日结束战争的最大机会，通过这一作战，可以做到以武力解决中国事变的大半，从历史上看，只要攻占了汉口、广州，就可以统治中国”，只要控制了中原地区，实质上即是统治了全中国。
而负责研究和制订国家政策的智囊团-昭和研究会，在提出了《关于处理中国事变的根本办法》中更是明确提到了我国推行大陆政策当前的目标，在于迅速解决中国事变。当前的战争目标是必须在军事行动方面确保很多的战果。为了彻底打击国民政府，使它在名义上、实质上都沦为一个地方政权，必须攻下汉口、广州以及其他敌人的抗战中枢。同时，随时将沿海岸线的军事的、经济的要地逐个占领，发挥海上封锁的效果。另一方面更必须对中国内地的重要都市和军事设施加强轰炸。”
而且不仅仅是这样，《关于处理中国事变的根本办法》中，昭和研究会着重提到了“中国目前虽然已丧失了华北、华中的重要各省，然而只要国民政府还盘据在汉口，汉口就是主要以西北各省为其势力范围的共产军和主要控制着西南各省的国民党军之间的接合点和两党合作的楔子，所以首先为了摧毁抗日战争的最大因素-国共合作势力，攻下汉口是绝对必要的。因为占领了汉口，才能切断国共统治地区的联系，并可能产生两党的分裂。同时，攻下汉口，对新政府(南京伪政权)说来，可以创造这样的可能性：把汉口以下的长江下游流域归入统治圈内。这样才可以谋求经济的独立，以及实现华中战区的复兴。相反的，对于国民政府来说，就意味着丧失了湖南、湖北的粮仓地带和中国内地惟一的大经济中心，不但会造成该政府经济自给的困难，并且会减弱现在惟一的大量武器的输入通道-粤汉路的军事、经济价值。这样一来，即使国民政府退到了四川或是云南，但在这种山岳地带，也无法发挥比一个地方政权更大的作用了。”
正是基于昭和研究会的《关于处理中国事变的根本办法》以及陆军方面的意见，6月15日，也就在大本营下令关东军混成第3旅团、混成第13旅团乘车返回东北的时候，日本御前会议做出了决定-在当年秋季进行攻占武汉及广州的作战。
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