战争依然在不受控制的发展着，民国27年1月15日，任命阎锡山、冯玉祥、李宗仁、程潜、陈绍宽、李济深为委员之后，国民政府在1月17日再次改组了军事委员会，增加宋哲元、熊式辉、卫立煌、万福麟四人为委员，同时以相应命令规定参谋总长、副参谋总长、军令部部长、军政部部长、军训部部长、政治部部长、军事参议院院长为军委会常委。
其中参谋总长负责指挥各部、院、会、厅，辅助委员长策划全局及处理委员会日常工作。
为了将抗战继续下去，最高统帅部不仅仅是在改组军事委员会，还采取了一系列的手段来整饬军纪提高士气。虽然面对日本的侵略，所有前线的军队，不论陆军、空军，无论中央嫡系，还是地方部队，都进行了英勇的抗战，极大的鼓舞了中华民族的抗战救亡志气，但也有少数高级将领，或因胆小怕死，或为保存实力，不服从指挥，对敌望风而逃。
这其中第5战区副司令长官兼第3集团军总司令-韩复榘的表现尤为恶劣。其受命防守津浦铁路北段，然而此人毫无抗战之意志。在华北战局紧张之时，军事委员会曾接连下达命令，令其向德州、沧州一带出击，以为牵制。然而韩复榘却抗不从命，未战先退。
南京失守之后，华北局势更为严峻。但身兼第5战区副司令长官、第集团军总司令等职地韩复榘却依然无所作为，甚至不理会军委会的命令，丝毫未加强黄河防务。
民国26年12月23日，当日军矶谷廉介中将所指挥的姬路第1师团由青城、济阳之间渡过黄河之后，韩复榘竟于次日率军南退。仅留第20师守卫济南。
两日之后。即12月26日济南失守。31日，委员长电令其将主力“分布于泰安到临沂一带，泰山山脉地区之各县，万勿使倭唾手而得全鲁”。然而此人不但不依令增兵泰安，反而于次日。即民国27年1月1日放弃大汶口。率军退至济宁。
四日后又由济宁率军退至曹县、单县、城武一带。更为恶劣的是。身为第5战区副司令长官的韩复榘公然违反军事委员会“无论在任何情况下，绝对不准离开本战区”地命令。将所辖第3集团军地全部军需辎重及其私人财物，装车由津浦铁路经陇海铁路转至平汉路。停于漯河，准备全军退往漯河。这样一来。其便是脱离第5战区，进入第1战区所属防地。
1月11日，蒋委员长在开封召开第1战区、第5战区高级军官会议，作了《抗战检讨与必胜要诀》的讲话。在会议上，委座总结挫败原因时，赫然指出**各部在过去的作战中所存在的众多缺点，这其中着重批评了某些高级将领，委座认为“军纪荡然为第一大罪恶”，因有些高级将领缺乏牺牲精神、缺乏敌忾心、缺乏坚决自信、公然抗命，方才造成现在此等之局面，是为“是可恕孰不可恕”
按照委员长的手令，韩复榘与当日会议结束之后，立即被免职查办、逮捕并送到武汉。国民政府军委会组织军事法庭以违抗命令、擅自撤退等罪名，依法处其以死刑。依照军法军事法庭判决，1月24日，韩复榘被执行枪决。
而就在韩复榘伏法地四天前，也就时候1月20日，国民政府军事委员会明令嘉奖抗战牺牲地郝梦龄军长、佟麟阁副军长等众多抗日英烈，并撤职查办、枪决处死41名作战不力地旅长以上将领，此等之举给保存实力、怠于作战的军官以极大震慑，前方士气顿时为之一振。
而在这期间，国民政府还利用日军暂未发动大规模进攻的间隙整军，对全**队进行了武器装备及兵员地补充，以恢复、提高军队的战斗力。
同样，南京失守后，日本也在作着新一轮攻击作战地准备，由于在南、北两战场取得了胜利，在这基础上，日本方面重新制订了对华的政略、战略，决定进一步加强其在中国的军事力量，并开始扶植傀儡政权，企图军、政两手并用的手段，迫使国民政府屈服。
1937年12月24日，日本内阁会议通过《处理中国事变纲要》，该概要提出：“帝国政府切望南京政府迅速放弃其抗日容共政策，与帝国合作。但南京政府仍然标榜长期抵抗，有鉴于此，今后不一定望期与南京政府谈判成功，而继续寻求收拾时局之其他途径，并与军事行动互相配合，对事态的进展作好准备，以应付南京政府的长期抵抗。”
1938年1月11日，日本御前会议又制订了《处理中国事变的根本方针》，方针中又提出：“如现中国中央政府不来求和，则今后帝国不以此政府为解决事变的对手，将扶助中国新兴政权的成立，与其协商调整两国邦交，并协助新生的中国建设。对于中国现中央政府，帝国采取的政策是设法使其崩溃或使它归并于新兴中央政府。”
五天之后，也就是1月16日，经裕仁天皇批准，近卫文磨内阁公开发表了《不以国民政府为对手的政府声明》一文，该声明宣称：“帝国政府在攻下南京后，仍然为给予中国国民政府以最后反省机会，一直等到现在。然而，国民政府不理解帝国政府的诚意，狂妄策动抗战……因此，帝国政府今后不再以国民政府为对手，期待能与帝国真诚合作的中国新政权的建立与发展。进而与这个新政权调整两国邦交，协助建设新兴地中国。”
与此同时，日本撤回驻华大使，并开始建立长期战争体制。1938年1月22日，近卫文磨首相在第73次议会上发表的施政演说中指出：为迫使中国政府屈服。以结束对华战争。必须建立国家总动员体制，也就是国家总体战体制。
除了继续准备在中国战场投入更多的兵力之外，日本占领当局还在占领区进行了一系列的傀儡政权建设活动，继1937年11月22日将9月4日在张家口成立的察南自治政府、1937年10月15日在大同成立地晋北自治政府、1937年10月27日在归绥成立地蒙古联盟自治政府三个伪政权合并，在张家口成立蒙疆联合委员会后。南京失守的第二天即12月14日。日本人又将1937年7月30日成立的北平治安维持会、8月1日成立的天津地方治安维持会、11月27日成立的河南省自治政府、12月10日成立地山西省临时政府四个伪政权合并。在北平成立中华民国临时政府。
除此之外，，民国26年12月5日、民国27年1月1日。在日本人地授意下，某些汉奸还分别成立了上海大道市政府、南京自治委员会、杭州治安维持会
1938年2月14日。日本大本营下令撤销华中方面军、上海派遣军和第10军三个司令部，建立华中派遣军司令部，统一指挥华中地区地日军。同时将三个司令部的全体人员及司令官调回日本国内；于此同时因华北方面的中国国民革命军第18集团军进行地抗日游击战争不断开展，日军深感“后方部分地区治安不稳”，为加强华北兵力，1937年12月31日，将国崎支队归还华北方面的广岛第5师团建制；1938年1月15日和2月10日，又先后将第16师团和第114师团调往华北。
自从民国26年8月，淞沪开战以来，全国之抗日战争已经发展为南、北两个战场。当时国民政府最高军事当局为防止日军由东南沿海登陆，占领徐州、切断南北两战场地联系，于8月20日曾以大本营第1号训令宣布成立第5战区，负责指挥鲁南、苏北地区的战事。
第5战区司令长官由委座亲自兼任，副司令长官即为韩复榘。大本营赋予第5战区的作战任务及指导要义是：“本战区作战之特性，为对敌强行登陆之作战，故以立于主动地位，确占先制之利，根本打破敌军登陆之企图，此为作战指导上之第一要义。纵使敌军一部先行登陆，务必迅速围攻而歼灭之，不使后续兵团借此以为安全登陆之掩护。此为作战指导上之第二要义。必要时，在指定地区之范围内扼要固守，绝对限制敌军之进展，运用机动部队而歼灭之，以确保我**南、北两战场作战连系之中枢。”
但在8月20日当天，最高统帅部又发表了大本营第2号训令，撤销第5战区，辖区及部队改归第1战区。可当淞沪会战局势趋于严峻之际，在10月16日，最高统帅部又下令重建了第5战区，任命李宗仁将军为司令长官，韩复榘为副司令长官，长官部设于徐州，管辖地区为津浦线两侧及山东省，下属部队有第3集团军、第11集团军、第24集团军、第51军海军陆战队以及位于鲁南、苏北、豫东、皖北各地的所有军事力量。
第5战区司令长官部遵循统帅部的意图，结合本战区当时的敌情、地形及任务，在民国26年12月拟定了综合性的作战计划。其方针大概为：第一时期(阻止敌之侵入)、第二时期(兖州附近之会战)、第三时期(徐州附近之会战)三个阶段。
也就是说负责守备黄河南岸的第一线兵团，直接守备黄河两岸，置重点于济南及济南以西地区，分置预备队于济南、泰安附近，并于黄河固守河岸，不得已时应确保直后方各要点，不得使得日军扩大区域或威胁主力的侧背。而守备海岸之第一线兵团，则连接守备海岸各要点，阻止日军的登陆，并置有力之预备队于诸城、日照、东海一线地区，以机动策应海岸直接守备部队，挫折敌登陆企图。在日军已经登之陆时，则是需要固守既设工事线，竭力阻止敌之发展。而第二线兵团则位于徐州附近，添筑徐州附近国防工事，并准备利用津浦、陇海两线，曾援第一线兵团之作战。
一旦第一期作战失败，无法阻敌入侵，那么黄河守备兵团在受敌由长清及其以东正面压迫之时，向莱芜、泰安、肥城及新泰、大汶口地区逐次撤退，占领要点；第一线兵团后撤时，第二线兵团即应以有力部队推进至邹县附近，间接支援黄河守备兵团之退却，直接阻止敌沿津浦线南下。余部仍控置于徐州附近。兖州附近的会战进行之时，**应该以邹县、济宁两兵团及泗水、新泰附近之游击部队相互策应，以外线态势，保持重点于左翼位置，对南进的日军施以猛力反攻。
而万一兖州附近的会战不利，日军由运河之线突入南阳湖以西平地时，或日军由海岸向西强压、越赣榆之线西进之时，或日军由运河以西地区渡过黄河时，第5战区所属各兵团应逐次后退，并在徐州留下一个师，配合地方军警团队，固守徐州城廓。徐州会战的要领是：以极少数部队据守核心，以战区全力之大部，发挥游击战之威力。
战区司令长官部在第一、第二两期作战时均设于徐州，如果发生第三期作战的情况时，则是将战斗指挥所设于宿县。
应该说这个计划考虑的还是比较充分的，但随着韩复榘所部的私自溃退，整个作战计划几乎成了一张草纸。根本就没有起到任何的作用。
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