英格兰海军正被派往亚速尔群岛捕获一年一度的西班牙珍宝船队，面对大批西班牙无敌舰队突然进攻，托马斯·霍华德慌忙下令逃向北方，以土保存实力。深孚众望的骁将格伦维尔战死和身经百战的‘复仇’号沉没，在英格兰国内引起轩然大波。
弗洛雷斯海战以英格兰人战败告终，西班牙人并未攻上英格兰本土。这次战斗标志着西班牙海上力量的复兴。并证明英国捕获和击败西班牙珍宝船队的机会已经遥遥无期。
菲利普二世发动对英格兰的第二次无敌舰队远征作战取得胜利之时，来自派驻东方马尼拉、马六甲、果阿总督的紧急军事报告引起菲利普二世的高度重视。
葡萄牙人在东方的澳门、长崎殖民地被一个叫陈瀚的明国将领攻占了，菲律宾总督达斯麻雷那斯（戈麦斯·佩雷斯·达斯马里尼亚斯）和马六甲总督卡拉斯古汇报陈瀚正在东方马六甲以东海域大肆扩张，菲律宾、马六甲都将有被攻占的危险。
卡拉斯古将与陈瀚派驻南洋的将领陈阿靖签署的《海市协定》送至马德里，菲利普二世得知遥远的东方富庶的明国正出现一位堪比英格兰海盗德雷克、霍金斯和雷利的强大海盗，并为明国效力，攻取东方海外殖民地。
菲利普二世不允许英格兰人染指其海外殖民地利益，自然也不会允许陈瀚染指威胁其东方的海外殖民地利益。菲利普二世对明朝的了解停留在马尼拉殖民当局上报的《论征服明国备忘录》中。
菲利普二世统治下的西班牙王国在军事方面开支巨大，不得不多次增税。以至菲利普二世在1557年、1575年两次宣布国家破产。
西班牙王国统治下的北方省中的七省（荷兰、比利时和卢森堡的区域）于1579年成立了乌得勒支联盟，共同反对西班牙统治。
1581年7月26日，来自荷兰各起义城市的代表在海牙郑重宣布：废除西班牙国王对荷兰各省的统治权，联盟正式宣布独立，成立荷兰共和国。菲利普二世对北方七省实行封锁武力镇压政策，但并没有奏效。
1588年，西班牙无敌舰队对英国的第二次远征遭受巨大的挫折之后，西班牙大伤元气。北方七个省份趁机联合起来，宣布成立荷兰联省共和国。
西班牙王国的统治在菲利普二世手中已经出现危机四伏，债台高筑。西班牙在海上的霸权地位开始趋于衰落，海上优势从此不复存在，西班牙军队不可战胜的神话破产。
菲利普二世对宗教很热情，法国发生宗教战争之后，菲利普二世马上倒向天主教神圣联盟一边，该联盟由吉斯家族领导，致力于消灭法国的胡格诺派教徒。
1591年法国形势最混乱之时，西班牙军队开进巴黎。菲利普二世希望其女儿与第四代吉斯公爵吉斯公爵--查理·德·洛林结婚，并让后者继承法国王位，但最终未能成功。
刚击败英格兰人，又插手法国王位继承权没能如愿的菲利普二世将目光放到了东方，雄心勃勃的菲利普二世决定出兵征服明朝，认为明朝属于软柿子，并根据马德里征服明朝详细计划做出作战部署。
菲利普二世并没有从西班牙本土派出无敌舰队赶到遥远的东方，而是从新西班牙总督区（墨西哥、西印度群岛、中美地区）、莫桑比克总督区、果阿总督区抽调兵力、舰队前往菲律宾马尼拉集结。
陈瀚的强势崛起，在南洋大肆扩张，严重威胁到西班牙王国及附属葡萄牙王国的海外殖民地。西班牙马尼拉殖民当局及马六甲殖民当局不得不采取稳住东方形势，等待国王菲利普二世派出大军赶来一举征服明朝。
1591年，两广总督刘继文（萧彦还未上任）提出‘驱虎吞狼’联合澳门的葡萄牙人对付丰臣秀吉，大明皇帝朱翊钧批示‘着如议行’命朝廷重臣商议。
丰臣秀吉也在拉拢长崎的葡萄牙人作为外援，企图联合葡萄牙人进攻明朝。无利不起早的葡萄牙人同时与明朝、日本有生意往来，不愿与任何一方为敌，明朝与日本拉拢葡萄牙人作为外援都也失败告终。
菲律宾总督达斯麻雷那斯还派使者前往日本大阪城联合丰臣秀吉，双方商议决定分别从南北两面进攻明朝，丰臣秀吉迫不及待发动侵朝战争，企图抢先占据明朝，菲律宾马尼拉殖民当局不过是利用丰臣秀吉拖住明军。
菲利普二世接到菲律宾总督达斯麻雷那斯送来的汇报，日本统治者丰臣秀吉准备进攻明朝，丰臣秀吉出动三十万大军率先进攻朝鲜，随后进攻明朝。
1592年8月，菲利普二世下令调集西班牙王国附属葡萄牙王国莫桑比克、果阿、马六甲军队一万五千人，又从新西班牙总督辖区抽调一万远征军横渡太平洋赶赴新西班牙总督管辖的菲律宾都督府，预计在圣诞节前抵达马尼拉。
菲利普二世按照马德里会议制定的征服明朝计划略作修改增加兵力，又增派一万大军。菲利普二世调集两万五千大军从游击将军府印度洋、太平洋渡海赶往马尼拉城。
接连不断有来自两洋殖民地的大军赶来云集马尼拉，包括西班牙陆军一万人(包括意大利及葡萄牙土兵)，莫桑比克奴隶两千人，果阿仆从军一千人，招募的日本浪人近千人。
新西班牙总督区也派出一万大军，菲律宾总督达斯麻雷那斯也在忙着征集一万菲律宾土著士兵，还征集三千余汉人军队。
菲律宾总督达斯麻雷那斯任海陆军最高指挥官，西班牙海军由六十八艘战船及八十三艘武装商船组成，由西加斯的加任海军指挥官。菲律宾总督达斯马里尼亚亲自指挥陆军。
西班牙王国为远征明朝下令在马尼拉城建立了军械厂，就地取材生产火药，同时向明朝商人购取硝石及黄铜制造枪炮。在菲律宾建立充足的粮食补给。又从新西班牙总督区购买带来大量尼绒为士兵成制大衣，并为伤兵淮备军毯。
如同丰臣秀吉制定征伐朝鲜进攻明朝的详细军事计划一样，西班牙征服明朝还制定殖民政策和宗教传播计划。宣传以战士封爵制度鼓励西班牙人参与征服事业，以及在明朝的传教士使之为向导传教。
西班牙王国还征集大批玻璃器皿、念珠、织绣、地球仪、葡萄酒等新奇事物，以换取明朝各级官吏及人民的好感及亲善，缓冲明朝人的敌意。