西班牙殖民墨西哥近半个世界，1564年新西班牙总督路易斯·德贝拉斯科指派米格尔·洛佩斯·德莱加斯皮前往菲律宾拓殖民。
探险队在征服者莱加斯皮（又称黎牙实比、黎牙实备）带领下率五艘船从墨西哥阿卡普尔科港出发，横渡太平洋，于1565年2月13日抵达宿务，在宿务建立西班牙殖民据点。
莱加斯皮从当地人口中得知有关吕宋岛的富饶资源后，派遣两名海军上校马丁·德戈伊蒂和胡安·德萨尔塞多到米沙鄢群岛以北进行探险，但是没有成功。
1571年4月，莱加斯皮亲率230名远征队杀向马尼拉。土著摩洛人建立的吕宋国统治内部分为主战、主和两派，主战派罗阇（王）苏莱曼率兵迎战，罗阇苏莱曼中炮战死。
主和派以罗阇（王）马坦达则与莱加斯皮签订和平条约，战败的吕宋国被迫将马尼拉让给西班牙殖民者北迁。西班牙人陆续攻占吕宋岛其他地方，1572年，殖民者莱加斯皮病死在马尼拉。
1571年6月24日，莱加斯皮宣布马尼拉为西班牙东印度群岛的新首都。莱加斯皮的成就令当时的西班牙国王菲利普二世（又称腓力二世）感到喜悦，赐予马尼拉纹章和宣布马尼拉为‘永远忠贞与高贵之城’。
莱加斯皮将马尼拉城设计呈星形要塞，米（8尺）厚，米（22尺）高的石墙包围着。
明万历二年(1574年)，就在西班牙殖民者忙着殖民吕宋修建马尼拉王城之时，大明朝廷在张居正主政下却在忙着调集东南沿海大军围剿潮州爆发的较大规模海上武装造反。
广东文武贪污腐化严重，贪官当道，勾结倭寇，鱼肉百姓，潮州府一带人口稠密，明廷严令规定片板不得下海，敢于拼闯的潮州百姓为了生存冒死下海者数以千万，亦盗亦民。
饶平县山贼木棉寨副寨主张琏起先过着劫富济贫的日子，看不惯贪官污吏祸害百姓，愤而下山，揭杆而起。与大埔郑八、萧晚组织白扇会起义。
嘉靖三十九年（公元1560年）五月，张琏起义后在柏嵩关称帝，自称飞龙人主，国号飞龙，开科署官，封罗袍等为王。飞龙军接连攻占攻占潮州、漳州、汀州、赣州大部分地方。
嘉靖四十一年（公元1562年）二月，明廷传旨三省调精兵征讨。两广巡抚张臬，平江伯陈圭应旨调集三省兵力共七万六千多人围剿。张琏于次年战败，率飞龙国残余部众逃往南洋旧港一带立国于海外。
张琏领导的飞龙起义被明廷镇压下去，潮州一带并未就此安宁，以吴平为首的海盗团伙也在迅速崛起，吴平并不太出名，但手下侄女婿林阿凤、曾一本、林道乾都是搅动大明东南及称雄南洋的著名海盗。
带头大哥吴平被明军干掉后，海盗团伙开始散伙，林阿凤、曾一本各自率部分海盗继续干老本行，林道乾、朱良宝等率三千人归降明朝广东地方官府。
曾一本迅速发展壮大，开始在潮州、雷州及琼州等多地活动。曾一本向潮州官府短暂请降，又因为朝廷效力没法活下去，旋即复叛，攻下澄海县抓走知县，攻掠潮州。进而侵扰广州府东莞，突袭雷州，大败明军，围攻澳门、广州城。
曾一本纵横广东沿海一时，最终在明朝广东文武联合海商、澳门葡萄牙人，调集归顺的林道乾等大军击败，曾一本被生擒病死。
归降的林道乾被安置于潮阳招收部下尾村，曾一本败亡，林道乾见大明朝廷并不信任自己，开始准备收拾自己。林道乾侄儿林茂，先在彭亨国为都夷使，修书约林道乾至彭亨国。
万历元年(1573)三月，大明朝廷派总兵张元勋围攻林道乾，林道乾率众突围后逃亡南洋真腊国（柬埔寨），明朝官军谎称林道乾投水而死。
林阿凤也没闲着，隆庆元年（1567年）率部攻占惠来县神泉港。万历元年（1573年）屯南澳岛的钱澳，十二月进攻澄海，大败官兵。林阿凤以澎湖为基地，开拓海上贸易，最盛时辖舰300余艘，人员4万以上。
万历二年（1574年）二月，林阿凤攻打潮州、惠来，四月攻入琼州府清澜，六月在广东兵败，退至福建沿海，十月遭福建总兵胡守仁率军袭击，转移到东番鸡笼（基隆）驻扎。
十一月，林阿凤再次率部众先后进攻潮阳踏头埠、饶平县柘林、惠来县靖海、陆丰县碣石等广东沿海港埠。明朝被迫集中水陆主力围剿林凤。
林阿凤以南澳岛为根据地，相持不下，后曾修书议和求抚，广东总兵殷正茂不予接纳。林阿凤被迫再次逃往东番魍港，林阿凤见曾一本败亡、林道乾遁逃南洋，自知与大明为敌是死路一条。
林阿凤败逃到东番魍港后将目光投向刚被西班牙人占领后不久的吕宋国。万历二年（1574年）冬，林阿凤率战船六十二艘，部众两千以及妇女一千五百人，以日本人庄公为先锋向吕宋西班牙殖民者发起进攻。
林阿凤率部攻占密雁（米岸），险些活捉撒施洛，直奔向马尼拉杀来，庄公率先锋人马连夜进攻遇上风暴损失两百人。庄公继续带领其余先锋在马尼拉南八里的巴拉维克登陆，于次日凌晨杀到马尼拉。
驻防马尼拉城外的西班牙军官戈依第猝不及防，为庄公击败杀死。马尼拉城内的西班牙殖民守军乘机加强守备，依托还在修建的星型城堡工地拼命抵抗庄公进攻。庄公兵力单薄，仓促间未能攻下星型城堡，退至甲米地和林阿凤汇合。
西班牙菲律宾第二任总督拉维萨丽思见庄公退兵后，立刻沿马尼拉湾筑高墙，派兵防守。撒施洛也率领战舰六艘，兵员数百名赶来助战。
被西班牙人击败统治的当地土著摩洛人以为是汉人取得了胜利，迅速在马尼拉附近集结近万人，开始准备对西班牙殖民者发起进攻。
十二月十三日，林阿凤发动第二次进攻，命庄公率一千五百人分兵三路进攻，林阿凤指挥战船在马尼拉港外发炮助攻。但由于西班牙殖民者加强城垣和增加援兵，庄公强攻也未能攻下。
林阿凤又增派五百援兵，依旧未能攻下，庄公战死，林阿凤被迫无功而退。当地土著摩洛人闻风纷纷击杀西班牙传教士以及商人兵士等，准备策应林阿凤，却不料林阿凤失败后迅速撤退。