日军先锋三番队一路势如破竹直取朝鲜王京汉城。后续登陆作战六大军团却遭到朝鲜南方各地义军起兵反抗，原因是日军所过之处，焚烧劫掠，大肆屠杀成性，仅晋州一地就屠杀军民六万。
李舜臣、元均在玉浦海战击败日本水军的首场胜利，大大振奋了朝鲜军民抗击日军入侵信心。紧接着朝鲜水军在李舜臣、元均指挥下在合浦、赤珍浦海面再败日本水军。
日本水军虽受到损失，但并未丧失制海权。整个海战中日本水军约损失了44艘战船，朝鲜水军在熟悉沿海洋流海况海岛地形等有利条件下也损失了不下二十几艘战船。
朝鲜官军溃败不堪一战，朝鲜南部各道州郡义军力挽狂澜反击日军入侵。郭再祐于4月21日在庆尚道星州组织义兵，偷袭阻击日军第六军团小早川隆景麾下先左大将安国寺惠琼大军，令安国寺惠琼屡次战败，无法顺利进入全罗道。
郑仁弘、孙仁甲、金沔等义军将领也令第七军团令毛利辉元部无法顺利占领庆尚道。全罗道光州的金千镒、全州高敬命也于6月1日组织义兵反抗日军入侵。
朝鲜王廷派使臣向明朝告急，但并没有请求明廷出兵救援，明廷上下也对朝鲜如此态度深感疑忌。朝鲜军队节节败退，北方边将却对明朝辽东边军怀有戒心，原因是双方边民边军纷争不断，朝鲜更与建州女真各部矛盾重重。
大明锦衣卫掌堂上印指挥同知许茂橓早已派锦衣卫潜入朝鲜查探消息，又随同东厂加派密探潜入朝鲜暗中查探消息。兵部尚书石星秘密派遣曾经出访过朝鲜，看过朝鲜王李昖的使臣随从将领宋国臣前往朝鲜辨别朝鲜国王真假。
辽东方面收到兵部尚书石星谕令派人前往朝鲜侦缉朝鲜是否通倭，辽东巡抚郝杰及辽东总兵杨绍勋派出使者崔世臣、林世禄两人前往平壤府。
辽东总兵杨绍勋命分守辽东宽奠等处副总兵、都指挥使佟养正加强鸭绿江防线。佟养正奉命亲率士卒在鸭绿江西岸建设墩台、堑壕等防御工事。
佟养正（辽东将门，非女真人佟养正）亲自渡江赶到义州城召见朝鲜义州牧黄琎吩咐道：“尔国受兵，上国不可不救，俺当不日领兵过江，尔其以此意，急急启知。”
黄琎对佟养正要求朝鲜及时飞报日军情报并不以为然，更是自吹自擂大放豪言道：“我国虽猝被兵祸，然敝境足矣当贼，岂劳大人之救乎？”
佟养正对朝鲜义州牧黄琎话语中对自己戒心甚重，想不到自己倒是多此一举了，一脸好笑，随即离去。辽东地区盛传朝鲜导倭入侵谣言四起，佟养正也深感怀疑朝鲜别有用心。
崔世臣、林世禄两人已经抵达平壤府北郊外，朝鲜王李昖派出殿前黑团领接待两人，两人请求觐见朝鲜王李昖，没有得到准许。
崔世臣、林世禄两人更是怀疑朝鲜君臣是做贼心虚，看来谣传绝非空虚来风，十有八九朝鲜已被日本控制。两人决定留下来进一步查探实情。
大明辽东使者一再言明要觐见朝鲜王李昖，右议政尹斗寿让刚当上兵曹判书的李恒福去接见大明辽东使者，因李恒福主张内附大明，李恒福却上报给朝鲜王李昖。
朝鲜王李昖最后授命柳成龙接待大明辽东使者，柳成龙带着李恒福接见两人。两位辽东使者决定探口风，提出查探倭军动向，柳成龙李恒福两人陪同两人登上大同江边的练光亭查看江东日军动向。
大同江东岸林中乍现一名日军身影，接着二三名日军相继出现，日军第一军团总大将小西行长先期派出物见番头带着侦缉兵北上平壤府江东侦缉军情。
日军居然在平壤府朝鲜军眼皮子底下或坐或立，似乎根本没将朝鲜军放在眼中。
柳成龙指着江对岸的日军向崔林两位上国使者解释道：“此倭斥候也”
四十来岁的林世禄倚柱东望见对面的日军神色怡然，很是疑心问道：“倭何其少也？”
柳成龙回道：“倭甚巧诈，虽大兵在后，先为侦探者，不过数人。若见其少而忽之，则必陷于贼计矣。”
“原来如此”林世禄表面称是，心里却是疑心重重，不再多问。
派去明朝求援的使臣赶回来告知大明上国怀疑朝鲜导倭入侵，朝鲜王李昖忙接见崔世臣、林世禄两人。崔世臣、林世禄两人面见朝鲜王李昖，确认是李昖本人后告辞回国复命去。
此时朝鲜八道多已沦陷，仅剩平安道、咸镜道尚未沦陷，李昖君臣都知道光靠朝鲜复国无望，朝鲜君臣都在商议内附大明之事。
六月初一，日军第一军团、第三军团蜂拥而至大同江东。日军还未发起进攻，平壤城中已是大乱，日军先锋渡河耀武扬威前来城下挑战，城上朝鲜军不敢应战。
早已是惊弓之鸟的朝鲜王李昖正在抓紧跑路，城中百姓乱哄哄的也跟着冲出城去跟着逃命，平壤城闾巷几空。朝鲜王李昖正从大同馆门跑路，自己逃跑也就算了，还下谕令要求平壤城中父老坚守当炮灰，为自己逃跑争取时间。
平壤城百姓一听谕令不让出城，一时群情汹涌，对于不能保家卫国的朝鲜将士和朝鲜王李昖君臣纷纷一片怒骂：“弃我而去，是杀我也。宁死于驾前，毋饱贼刃。横路纵击，坠庙社主于路中。”
城中吏民作乱，拦路阻击。就连柳成龙、崔兴元、尹斗寿等一众随驾两班大臣也被骂得狗血淋头：“汝等平日偷食国禄，今乃误国欺民乃尔耶。既欲弃城，何故绐我辈入城耶。”
愤怒的平壤百姓开始拦路挡驾，跑到王宫前请愿，闹得轰轰烈烈，城中形势更加混乱，守城的朝鲜将士更是无心守城，将领带头逃跑。
从山东登州府渡海前来的锦衣卫密探东厂番子纷纷潜伏在平壤城内刺探消息，不断将刺探到的消息迅速传回北京，眼见平壤大乱，忙跟着逃出城去。
平壤城中处于无官府状态，朝鲜王李昖君臣正忙着从大同馆门出逃北上义州牧内附大明上国，平壤城中百姓不让李昖及两班大臣出逃，李昖君臣也不顾平壤百姓苦口劝阻，拼命逃出城去。
小西行长、黑田长政率日军第一第三军团对平壤城发起攻击，出人意料的是，就在日军渡江进攻平壤城之时，驻守守大同江的朝鲜将士却不放一箭，负责守大同江的金命元、韩应寅两人再次带头逃跑，朝鲜守军将士纷纷效仿逃跑。
李昖君臣慌不择路朝着北方的安州府逃去，日军第一番队先左大将小野义勇奉命追击朝鲜君臣，小野义勇一路北上衔尾直追，直扑向安州府杀来。
六月十四日，刚逃到安州府的朝鲜君臣惶恐不安，李昖忙命大臣修内附咨文，急送大明辽东都司。安排崔兴源、尹自新等奉庙社主，陪世子李珲，前往保住江界府，分朝臣随世子李珲前往江界府建立分朝。
朝鲜王庭在安州府正式开始分朝，朝鲜世子李珲即将率部分两班大臣前往江界府建立分朝。
李昖即将上马逃向博川郡，相礼柳祖讱在马前声泪泣下道：“愿令世子随大驾，以共患难。”
李昖站了良久，好言宽慰柳祖讱道：“分朝已定，宗庙社稷不能尽系孤一人，孤欲渡辽内附天子，欲世子图存复国。”
世子李珲立祗送处泣下，诸臣皆挥泪以辞。李昖不愿留在朝鲜被日军俘获，将国内军政事务暂时交由世子李珲建立的分朝管理。决定渡辽内附大明上国，以期获得大明支持复国，最主要能保命，不必再这般朝不保夕流亡。
平安道沿海皮岛南面海湾中停泊着十六艘高大战船，船帆尽数降下，似乎已在皮岛一带停泊等候已久。正是何崇奇率领的东洋水师第三编队游弋在朝鲜外海，按照主公陈瀚指示配合小野义勇、大野义仁、蒲池信义行动。
高大的座舰飞月船船舱中，一身戎装的何崇奇看向一名刚从安州府城赶回来的密探问道：“小野义勇怎么说？”
“回何副帅，小野副帅答应会配合我们立即出兵宣川府。”探子禀道：“小野副帅还说小西行长奉丰臣秀吉命与朝鲜王媾和，希望尽快结束战争，好进攻国朝。小西行长命小野副帅不得将朝鲜君臣赶入国朝境内，让朝鲜君臣暂时留在义州牧。”
何崇奇冷笑道：“看来小西行长和丰臣秀吉恐怕是要失望了”何崇奇随即下令道：“传令下去，准备出发前往义州城。”
“是”传令兵领命出船舱去传令
狼狈不堪的朝鲜王李昖君臣刚逃至宣川府，大明兵部尚书石星命山东（辽东行政上属于山东承宣布政司）巡按李时孽派遣曾随王敬民出使朝鲜见过朝鲜王李昖的辽东指挥宋国臣前往朝鲜，借机辨认朝鲜王李昖真伪。
宋国臣原本是要去平壤府，哪知在宣川府就遇到落荒北逃的朝鲜王李昖君臣，宋国臣确认是朝鲜王李昖本人后，当即宣读兵部咨文（公文）：“尔国谋为不轨”兵部措词极为强硬，充满质疑和威慑朝鲜之意。
宋国臣紧接着宣读兵部试探性的咨文道：“……，八道观察使，何无一言及与贼？八道郡县何无一人之昌大义？何日陷某道，何日陷某州，某人死于贼，没人附于贼，贼将几人，军几万？
天朝自有开山大炮、大将军炮，神火标枪，猛将精兵，雾列云驰，倭兵百万，不足数也。况文武智略之士，足以灼见奸谋。逆节兄萌，虽有苏、张、鞅、雎之徒乎生于世，安得窥天朝浅深乎？”
李昖君臣听完大明上国兵部咨文顿时惶恐不安，担心什么来什么，原本是想尽快向大明上国解释清楚朝鲜并没有与日本同谋之事，哪知大明上国已派出使臣前来质问。
朝鲜君臣一路仓皇北逃，哪知道沦陷各道战亡状况，一时根本对答不上来。朝鲜君臣商议一番后决定为了让大明上国释疑，除了反复派出使臣外，还将日本太阁丰臣秀吉威胁朝鲜的书信转呈大明朝廷，以示绝无二心。
紧接着，小野义勇带着三千大军从安州府渡过清川江追杀上来。朝鲜君臣得报有大批日军追来，慌忙朝着鸭绿江边的义州城逃去，宋国臣也只好跟着朝鲜君臣朝着鸭绿江逃去。