陈阿靖率南洋水师第三编队及西洋商行武装船队攻占椰城雅加达后，开始在椰城加紧修缮加高城墙，在城外建有木栅栏防御墙。椰城外两里之内的大量树木被砍伐，房屋被清除掉，便于战时开阔视野，观察敌情。
自唐朝开始就不断有小规模移民下南洋，郑和下西洋后，移民人数越来越多。椰城一带是华人华侨下南洋前往爪哇岛各地定居经商的登陆补给点，华人华侨移民人数众多，有万余人。
陈阿靖派使者游说椰城一带的华人华侨归顺东番守备府，东番守备府会保护椰城华人华侨生命财产不再遭受当地土著劫掠。勤劳善于经商富有的华人华侨一直饱受爪哇土著迫害，得知来消息后，纷纷主动携家带口赶来椰城归附东番守备府大军。
同样遭到天方教迫害的印度教、佛教部落教徒得知刚击败万丹国军队，攻占雅加达实力雄厚的椰城大军是大明东番守备府所派，东番守备府实行宗教宽容政策。信仰印度教、佛教的部落教徒纷纷选择支持椰城东番军对抗天方教徒。
陈阿靖下令在万余华人华侨中挑选出三千余精壮将士，又从印度教、佛教部落挑选五千余骁勇善战精壮组建武装新兵，应对万丹国大军来攻，椰城守军达到万余人。
雅加达被来自大明东番守备府水师大军攻下的消息传到万丹国都万丹城，顿时举国哗然，万丹国本身就是建立在抵抗葡萄牙人入侵的基础上。
1527年-1528年，万丹国开国缔造者天方教法师法里塔汉以天方教圣战为号召，组织武装力量，领导万丹和巽他卡拉帕(即雅加达)***起义。两次击败葡萄牙人入侵，杀死同葡萄牙人缔造和约的西爪哇印度教派国王，夺取政权，臣服于淡目国。
万丹国在苏丹毛拉纳·穆罕默德主持下召开紧急军事会议，首席大臣孟库布米、天方教长老、森纳帕提（相当于陆军司令）和拉沙马拉（相当于水师提督）等大臣将领参加军事会议。
万丹国紧急军事会议一致决定起倾国之兵夺回雅加达，万丹国苏丹毛拉纳·穆罕默德发布命令调集国中两万大军进攻雅加达，将攻占雅加达的大明东番守备府军队赶走。
椰城一带的华人、印度教、佛教部落纷纷被陈阿靖迁到椰城中帮着修建加固城防，同时将大批粮食运进城中做好长久防御战。
椰城东西两面城墙外都沿着河流修筑有木栅栏防御工事，没有护城河的南门外更是在木栅栏外开挖壕沟引水作为护城河防御，两百余门佛朗机炮从战船上卸下来后一字排开安装到城墙上形成密集防御炮火阵地。
南洋水师第三编队二十六艘战船游弋在城北码头附近海域，防止万丹国水师突袭进攻椰城港口，陈阿靖将整个椰城水陆防御部署完成。
万丹国苏丹毛拉纳·穆罕默德亲率两万大军从国都万丹城出发，随行还有万余天方教长老组织起来的***民兵，浩浩荡荡的三万余万丹国大军直奔向椰城城西杀来。
年仅十八岁身形比较矮小一身黄金锁子甲头戴天方教苏丹帽的苏丹毛拉纳·穆罕默德坐在战象上在身边一众大臣将士簇拥着前来，目光注视着城西河边木栅栏围绕的椰城邻河防御工事，木栅栏后城墙上的异教徒守军将领正忙着指挥防御。
身型矮小，一身戎装，年近半百的首席大臣孟库布米一张长满皱纹的老脸正向苏丹汇报：“苏丹陛下，我们派出的探子已打探清楚城中异教徒守军只有万余人，真正的大明军队只有不到三千人，有八千异教徒加入大明军队对抗我们大军。”
“该死的异教徒”得知雅加达一带的异教徒纷纷加入大明军队对抗自己，毛拉纳·穆罕默德苏丹愤恨不已看向孟库布米下令道：“攻下雅加达后，杀光所有异教徒。”
“是，苏丹陛下。”孟库布米躬身领命转身朝着三万余万丹国大军高呼下令道：“万丹国的勇士听着，腊图·万丹苏丹陛下军令，攻下雅加达后，杀光所有异教徒，腊图·万丹万岁。”
“攻下雅加达，杀光异教徒，腊图·万丹万岁。”三万余万丹国大军高呼着激进的军事口号：“腊图·万丹万岁……”
毛拉纳·穆罕默德苏丹在战象上拔出配刀高呼下令道：“进攻”
“进攻”孟库布米跟着高呼下令
三万余万丹国大军朝着椰城西城外的护城河流发起冲锋进攻，一片刀光剑影晃动，阵前弓箭手快速冲出来，盾牌手在前掩护冲锋，阵中还有大批抬着渡河船只的士兵，不下五十头战象在象兵驱使下紧跟在后发出‘呜呜’嚎叫声。
陈阿靖亲自坐镇城西指挥大军迎战，城下木栅栏后的三千大军纷纷依托着木栅栏后修筑的战壕阵地防御。陈阿靖看着城外万丹国大军有备而来，尤其是阵中庞然大物般的战象更是吓人，陈阿靖镇定自若下令道：“发炮进攻”
西城墙上的南洋水师将领纷纷下令道：“放”
‘轰轰……’西城墙上一字排开的佛朗机炮朝着城外河西岸蜂拥冲杀而来的万丹国大军发炮进攻，炮口冒着浓烟弥漫开来。
呼啸而至的炮弹直奔向万丹国大军阵中袭来，万丹国大军阵中顿时死伤成片，哀鸿遍野，鬼哭狼嚎般的惨呼声不绝于耳：“啊啊……”。
冲锋在前的万丹国大军将士直奔向城外不宽的护城河道冲来，城外依托木栅栏后战壕阵地防御的三千弓箭手、鸟铳手纷纷开枪放箭：“砰砰……、嗖嗖……”
冲锋在前的万丹国大军将士纷纷被射杀栽倒在河道中被冲走，河岸上万丹国军队更是死伤成片，万丹国大军不断朝着河道冲杀过来，不少万丹国将士已经将船只放进河中开始强渡，激战刚一开始，河岸上尸积如山，血流成河。
万丹国弓箭手不断朝着木栅栏后的三千南洋水师将士放箭掩护冲锋强渡的大军，双方箭矢横飞，不断朝着对方袭来，南洋水师将士顿时也死伤不小，中箭的将士被随军医护队临阵消毒包扎，重伤者立即抬进城去。
城墙上一字排开的弗朗机炮不断开炮不断朝着冲锋的万丹国大军呼啸而至袭来，万丹国军队在南洋水师炮弹袭击下死伤不下三千人。
爪哇岛有雷岛之称，一年当中大半时间在打雷，打雷次数不下千余次，是世界打雷最多地区。椰城天空中雷声如吼
，电闪雷鸣。早已习惯打雷现象的万丹国战象反倒没有受到惊吓，就连椰城上的炮声也被当做打雷对待。
万丹国大军阵中冲锋在前的战象纷纷被炮弹击中倒地，后面冲锋的战象被前面倒下的战象尸体绊倒。眼见同伴被击倒惨叫哀嚎声不断响起，后面的战象看着同伴惨死一片，纷纷受惊掉头朝后阵逃去，就连苏丹毛拉纳·穆罕默德乘坐的战象也跟着受惊朝后逃去。
后阵的万丹国天方教长老组织起来的万余民兵顿时纷纷遭了秧，被数十头战象疯狂冲撞踩踏成肉饼，鬼哭狼嚎般的惨呼声一片：“啊啊……”
孟库布米看着苏丹陛下被发狂的战象带着朝西方逃去疾呼道：“保护苏丹陛下”
“快保护苏丹陛下”千余万丹国将士纷纷朝着受惊逃窜的战象追上去
万丹国大军顿时混乱不堪，不少人忙着追战象保护苏丹陛下，后阵被战象冲撞死伤成片，阵中大军遭到椰城南洋水师炮弹轰炸死伤惨重。冲锋在前的万丹国勇士更是遭到三千鸟铳手、弓箭手接连不断开枪射杀，尸横遍地，血流成河。
随着苏丹陛下被受惊战象带着逃跑，进攻的万丹国大军乱作一团，溃不成军，冲锋的万丹国军队纷纷朝后落荒而逃，犹如潮水般退去，乱军互相踩踏致死不少，老成持重的首席大臣孟库布米忙收拢溃兵。
毛拉纳·穆罕默德苏丹被受惊的战象带着逃跑摔伤，初战不利损失惨重的万丹国大军将士一片士气低落。毛拉纳·穆罕默德苏丹并没有放弃攻打椰城雅加达，撤退到城西二十里外安营扎帐，准备再次发动进攻。
陈阿靖刚进攻没多久就依仗着弗朗机炮火轻易就打退万丹国大军第一次猛攻，佛朗机炮弹击毙击伤万丹国阵中发起冲锋的战象战象，战象受惊吓掉头逃窜，致使万丹国大军战败后撤。
就在陆上两军开战不久，游弋在椰城城北港口外的南洋水师第三编队也与从万丹城开来的近百艘万丹国水师大小战船发生激战。
万丹国水师见南洋水师第三编队只有二十几艘战船，采取狼群战术蜂拥围攻上来。
指挥南洋水师作战的千户田川右卫门本是百地忍者出身，陈瀚见其颇有将才，直接从百地玉子手下调任水师千户。田川右卫门随陈阿靖镇守淡马锡海市城，招募不下三百流落到南洋的日本浪人加入南洋水师第三编队，以作先锋。
田川右卫门见万丹国船只蜂拥冲杀上来拔出腰间忍刀高呼下令道：“进攻”
传令兵忙打出进攻旗语
南洋水师将领纷纷高呼下令道：“放”
‘轰轰……’战船上的舰炮无敌大将军炮纷纷朝着卖力划着大大小小战船冲杀上来的万丹国水师发炮进攻，呼啸而至的炮弹不断袭击万丹国水师战船。
万丹国水师造船技术来自于忽必烈远征爪哇败退后杯俘获的战船，基本上仿造宋元帆船。陈阿靖统率的南洋水师第三编队战船在整个东番义军水师中装备不算很好，新式福船、飞月船也不多，舰炮无敌大将军炮也只有十八门
万丹国水师战船不断被南洋水师炮弹击沉击伤，万丹国水师顿时死伤惨重，落水将士呼救声不断，海面上到处都是漂浮的破碎船板，万丹国将士纷纷挣扎着爬上船板。
田川右卫门指挥着南洋水师战船冲上去纷纷转舵一字打横，西侧的船舷炮窗纷纷打开，佛朗机炮不断推出炮窗。船上佛朗机炮不断朝着万丹国水师开炮轰炸，万丹国水师战船纷纷被击沉击毁。
田川右卫门朝着等候已久，急不可耐的三百余南洋水师先锋浪人敢死队高呼下令道：“醒过（进攻）”
“嗨”三百余浪人将士组成的先锋纷纷划着小船冲杀上去：“驼子你给（冲锋）”
“杀给给”冲锋的南洋水师浪人砍人大队在先左大将率着不断朝着挣扎的万丹国将士开枪射杀‘砰砰……’顿时枪声大作，冲上去的浪人纷纷挥着武士刀砍杀着同样矮小万丹国将士，海面上惨呼声不断。
海面上到处都是万丹国水师战船被击碎的船板，海面的万丹国将士浮尸一片。