石达开在安庆自立门户，但他很快发现，离开了天国和天王洪秀全，他的号召力大不如从前了。
天京确是有一些天国的官员、兵将佩服石达开的为人和军事指挥能力，跑到安庆志愿跟他开辟新天地。但这种人在天国高级将领中却不多。有姓有名的高官，仅是夏官丞相蔡次贤一人而已；天京内讧已死了成千上万的将士，谁愿意冒背叛天国的危险投入石达开的怀抱？天王洪秀全连天父东王杨秀清和天兄北王韦昌辉的家人都能屠杀，一个不留，还会对谁心慈手软？所以就连安庆周边许多太平军将士也不敢去投奔石达开。
当时李秀成驻军淮南，联合捻军在六安、舒城一带作战；陈玉成正挺进鄂东黄梅、蕲州对抗湘军东犯；九江守将林启容、湖口守将黄文金都分别与兵临城下的湘军主力鏖战，剑拔弩张，寸步难行。他们当然不可能有暇前往安庆投奔石达开，更不会放弃阵地。就连安庆守将张朝爵、陈得才也选择坚守岗位，没有随石达开行动。
石达开有点失望，虽然他重新纠集了四五万人的队伍，但他的主力战斗部队只有两支：一支是原先屯扎在天京上游，由石氏家族控制的老兵，如石镇吉、石镇常、石镇仑等带领的太平军。另一支屯扎在江西各府县，也是他的亲友、同乡挂帅的，如他的丈人、名为翼贵丈的黄玉昆、剃头匠傅忠信等率领的部属。
石达开开辟新天地的既定目标，是先攻下江西。但当时曾国藩趁太平天国的内乱，在曾纪泽的建议下，猛攻太平军，在1856年他们已经率湘军攻下瑞州，包围临江、吉安和九江等地。
而且，随着时间推移，湖北和江西的战局，迅速朝有利于湘军的方向发展。天京城里忙着互相屠杀的那年年底，胡林翼率湘军攻下了重镇武昌城，一路势如破竹，几乎收复了整个湖北；就在石达开率军出走的当月月底，杨岳斌与彭玉麟内外夹攻湖口，使得原被隔于鄱阳湖的内湖水师与外江水师汇合，攻陷湖口，又趁胜夺取小孤山、彭泽、望江、铜陵等地。
石达开组织指挥了几次援救战役，都因缺乏统一的战略部署，加上太平军人心散了，挡不住湘军两栖部队的阻击，失败了，连他的丈人黄玉昆也战死。石达开只得转攻为守，率部在江西和安徽等地与湘军对峙。
但曾国藩的处境，也不好过。天京城发生内讧，朝廷上下一片欢欣鼓舞，以为灭了太平天国指日可待。
咸丰皇帝多次下旨催曾国藩率湘军配合天京附近的绿营去拿下天京。
曾国藩知道，一旦湘军解除对林启荣等太平军的包围，去攻打天京，就会腹背受敌。而且从江西到南京，千里迢迢，在没有内湖水师相助的情况下，失败的几率很大。退一步说，即便拿下天京，功劳也是绿营的。曾国藩的战略是稳扎稳打，先拿下九江，再攻安庆，顺江而下取天京。
曾纪泽也不建议曾国藩率军去援攻天京，他知道，石达开、陈玉成、李秀成等人的部众并不是一块好啃的骨头。
曾国藩接到咸丰皇帝的圣旨，用拖的方法解决，按兵不动。咸丰皇帝对曾国藩的猜忌更重了，更加不肯给曾国藩督抚实职，还下旨严厉斥责曾国藩。
接替陈启迈任江西巡抚的文俊见朝廷对曾国藩的态度变了，为了表明自己的政治立场和对朝廷的忠心，虽然不像前任那样明目张胆反对曾国藩，但江西官员在他的率领下，还是不时给湘勇下绊子设障碍，湘勇的粮饷问题更加严重！
曾国藩的寒心和委屈可想而知。他无时不想挂冠而去，但时势之危与圣人之教又不容许，只好百计隐忍，甘受煎熬，每天寸心如焚，头发都花白了。
石达开出走天京后，咸丰皇帝再次给曾国藩下旨，催他进攻天京。但曾国藩果断拒绝了，他奏折回复咸丰皇帝说：“石逆逃离天京，必率众谋取江西，江西的战事会比以前更加急迫。如若臣这时离去，江西必乱，落入长毛之手。当今为皇上计，以臣细察今日局势，非位任巡抚有察吏之权者，决不能以治军;纵能治军，决不能兼济筹饷。臣处客寄虚悬之位，又无圆通济变之才，恐终不免于贻误大局。请皇上同意臣在籍终制。”
咸丰皇帝在圆明园的书房看了曾国藩的奏折，十分生气，对身边的慈禧说：“这个曾国藩，真是胆大妄为，厚颜无耻，不仅不听君命，还要督抚实权，朕要将他杀头！”
慈禧劝咸丰皇帝说：“当今天下，唯湘勇能跟长毛一战，皇上还是暂且忍耐。”
逞妇人之智的咸丰皇帝，却和曾国藩较上了劲。适值此时天京内讧之后，太平军内部分裂，势力大衰，看起来已经指日可平，有没有曾国藩好像也没有大碍。咸丰帝便顺水推舟，开了曾国藩的兵部侍郎缺，批准曾国藩回家继续为母守制三个月。
曾国藩见到这道上谕，冷得心里直打颤。曾国藩以为他已经把委屈和困难说得够充分，他万没料到自己苦战数年竟是这样一个结果。而他的那些宿敌官员们，闻听此讯却喜形于色。从传统伦理上来说，曾国藩要挟皇帝有违臣道。以前曾国藩以唯我独忠之态，居高临下，睥晲众人。而这次他们抓住了把柄，四处大骂曾国藩假道学，假忠义。对此，曾国藩有口难辨，只得更加少出门。
那天，曾国藩正在书房看书。
“大哥！”曾国华哭着进了门。
“堂堂七尺男儿，什么事居然像个妇人一样哭哭啼啼？”曾国藩恼怒道。
“父亲……”曾国华有点哽咽，回答说，“父亲他老人家去世了！”
听闻父丧，曾国藩手一松，瘫倒在太师椅上，想起父亲的音容笑貌，泪水从微闭的双眼中无声地流出来。好一阵子，他才睁开眼睛，吩咐在左右伺候的家仆荆七：“拿丧服来！”
那一天，曾国藩闭门不出，茶饭不思，沉浸在丧父的悲痛中。直到深夜，曾国藩从悲痛中苏醒过来。按照传统的制度，无论是谁，无论做了多大官，无论在干什么，父亲死了，都得赶回家尽孝！曾国藩坐在书案边，给咸丰皇帝拟了一个《回籍奔父丧折》：“微臣服官以来，二十余年未得一日侍养亲闱。前此母丧未周，墨绖襄事；今兹父丧，未视含殓。而军营数载，又功寡过多，在国为一毫无补之人，在家有百身莫赎之罪。瑞州去臣家不过十日程途，即日奔丧回籍。”
吃过中饭后，曾国藩觉得现在江西的战事局面一时难以打开，决定不待咸丰皇帝批复，即封印回家。他告别前来送行的彭玉麟、杨载福和康福等湘军僚属，作了最后的战略部署，然后带着六弟曾国华、九弟曾国荃、儿子曾纪泽等人踏上回家奔丧的路途。
在回家的路上，默默地骑在马上赶路。曾国藩的心更像满天无边无际的阴云一样，沉甸甸、紧巴巴的。他望着水瘦山寒、寂寥冷落的田野和马蹄下狭窄干裂、凹凸不平的千年古道，陷入了深深的悲哀之中。
曾国藩的悲哀，既是因为父亲的突然离去，也悲他自己出山以来的处境。带兵五年过去了，自己一直带着镣铐在为朝廷打仗，其中的艰难辛苦、屈辱创伤之多，如长江水一样滔滔不绝。自己一颗忠心，满腔热血，两次投江，却落得个朝廷猜疑，地方官员排挤，四面碰壁，八方龃龉。这几年官职依旧原地踏步，连自己手下的胡林翼带勇，也从道员升到了巡抚。像陶恩培，文俊、耆龄这些人，才质又庸劣，却一个个加官晋爵，手握督抚重权。这样堕落的朝廷，湘勇的出路在哪里？自己的前途在哪里？曾国藩无法预卜，只觉得眼前昏天又暗地，他什么也懒得想，只想要早点回到家乡，回到湘乡荷叶塘。这几年他太累了，他想在父亲的坟前静一静，好好反省这几年所经历的一切。
而骑马跟在曾国藩后面的曾纪泽，抬头望着辽远的天空，内心更汹涌澎湃。他在脑海里谋划自己的未来，眼下时间已经到了1857年，离美国南北战争还有四年，日本明治维新还有八年，有曾国藩在，不远的将来，他将如何推翻满清这座大山？而且，推翻满清，越早越好，时间越早，对四万万同胞就越有利，对中华民族的复兴就越有利！但现在自己跟着曾国藩回家了，历史会让自己揠苗助长吗？