郑敦谨进行了将近半个月的审讯后，曾伯函不过是淡淡的提示郑敦谨，恐怕案子还得象以前那样奏结。曾伯函迟迟不肯就任两江总督，又表现出对刺杀案的消极态度，也让很多官员怀疑其中另有隐情。
其次是复审官刑部尚书郑敦谨的异常行为。郑敦谨是湖南长沙人，韶光进士，历任广东、河南、山西、陕西、直隶布政使，山东学政，都察院左都御史等职，素有“铁面无私”的声誉，后升任刑部尚书。刺马案发生后，仁曦太后命郑敦谨前往复审，郑敦谨得谕后即刻星夜兼程抵达江宁，立意要将这个天下疑案审个水落石出。故而其抵达江宁后，稍事休息，便开始审案。怎料审案月余，案情仍与此前无异。最后，郑敦谨和曾伯函联名上奏审案结果。奏结虽然更加详细，行文更加缜密，但基本内容却仍照原奏拟定。所不同的是，第一，特别强调张文祥听授海盗指使并挟私怨行刺，实无另有主使及知情同谋之人。第二，对张文祥量刑更加残酷，除了拟以凌迟处死外，又增加了一条摘心致祭。最终，朝廷也不得不接受这一结案。但未等圣旨下达，更没等张文祥正法，郑敦谨便匆匆离开了江宁，曾伯函送的盘缠他分毫未受，他的两个随行的助手刑部郎中颜士璋和伊勒通阿倒是每人收了曾伯函的五百两银子。郑敦谨并未回京交旨，走到清江，他声称有病不能回京，只打发两个助手代他复旨。按照朝廷规制，钦差大臣不回京复旨是要治罪的。随后朝廷下谕旨命其回京，但郑敦谨坚持以有病为辞，请求开缺，并终生不再为官。郑敦谨的两个助手回京后，颜士璋被放到兰州作替补知府，旋即回籍赋闲；而伊勒通阿随后也奉旨回乡颐养余年。
而会审官孙衣言给马新贻写的“神道碑铭”更是耐人寻味。碑铭称，“贼悍且狡，非酷刑不能得实。而叛逆遗孽，刺杀我大臣，非律所有，宜以经断，用重典，使天下有所畏惧。而狱已具且结，衣言遂不书诺。呜呼！衣言之所以奋其愚憨为公力争，亦岂独为公一人也哉！”孙衣言为江苏候补道，马新贻的亲信，他自始至终参与了刺马案的审理。此文一出，震惊朝野，舆论大哗，仁曦太后自然明白其中大有隐情。但是，又奈之若何？前后介入的审讯官员已达五十余位，审案也已长达八个月之久。马新贻已作古，朝廷无非加恩赐恤，以慰忠魂。仁曦太后又发布上谕赏加马新贻太子太保衔，照总督阵亡例赐恤，入祀贤良祠，列国史传，并赐谥端敏。又令在江宁、荷泽、庐州等地建立专祠，春秋官为之致祭。其子马毓桢加恩赏给主事，分刑部学习行走。
对于朝廷的处理结果，马家人极为不满，马新贻的弟弟马新佑坚称“疑案未明，死不瞑目”，在编写完马新贻的年谱后抑郁成疾，不久病亡，马新贻的儿子马毓桢（本为马新佑之子，因马新贻和夫人金氏无后，马新贻又拒绝纳妾，遂过继马毓桢给马新贻为嗣子）也因“连丧二父”而大受打击，精神一度失常。
岛津洋子在接触到这个案子的时候，先对当时两江一带的情形和大乾帝国的整体局面做了背景分析，然后结合案情和主审官员们的种种怪异表现，最后她得出的结论，刺马案实出自湘军集团谋划。
但湘军集团为何要置马新贻于死地呢？岛津洋子认为马新贻之死，发端应在彤郅七年仁曦皇太后曾召见他，密旨让他调查湘军攻陷天京后圣平天国金银财宝的去向。
岛津洋子的这个推论是从马新贻为何被任命为两江总督开始的。
彤郅七年，仁曦太后召见时为浙江巡抚的马新贻，提拔他接任赴任直隶总督的曾伯函，担任两江总督一职，并给予其密旨，赐予银牌，命他秘密调查湘军攻陷天京后圣平天国的金银财宝下落。
圣平天国在天京经营十年，各种物资和粮饷自不必说，天王府内各种金银财宝更是堆积如山，其他王府、将军府也有不少库藏。曾伯恒在攻陷天京后，放纵手下湘军抢掠了数天，然后便放了一把火，大火烧了数天数夜不熄。湘军将大量的财宝中饱私囊，大车小车，大船小船的向湖南老家运送财物，数年中，湘军子弟抢购土地遍及湘鄂两省，一时间朝野议论纷纷。敬亲王宜欣闻讯后大为不快，仁曦太后心中更是恼怒万分。当时朝廷曾让曾伯函查报圣平天国的“圣库”下落，两江总督曾伯函却对以天王府已经被大火烧毁，瓦砾全无，这自然令人怀疑，于是便派与湘军系统毫无关系的马新贻来暗中查办此事。
据马家人对岛津洋子派去调查的人的讲述，马新贻接到密旨和银牌之后，深知事关重大，他从养心殿出来回到贤良寺住所之后，浑身大汗淋漓，惊恐万状，颇为失态。而且按照常理马新贻难得进京，本应到处拜客，在官场中应酬，可是这一次马新贻却匆匆忙忙的离开了京城。他在去江南的路上，曾经请假回乡祭祖，当其启程时，曾将两位兄长招致身边，秘密叮嘱：“我此去江南吉凶难料，万一有不测之事发生，千万不要到京城告状，一定要忍气吞声，方能自保。”马氏兄弟听后，俱都惊恐不已。
从这段马家人的讲述就能够知道，马新贻对自己的升官非但没有任何喜悦，反而颇感忧虑，这是为什么呢？
岛津洋子研究了当时的形势后得知，其实圣平天国之乱的平定，大乾朝廷完全仰赖曾伯函的湘军集团效死作战，倘若没有湘军，大乾帝国也许早已倾覆，本来两江地区就是由湘军血战得来，此前曾伯函总督两江自然是理所当然，倘若换人，也理应由湘军系统内的人接任，如曾伯函的弟弟曾伯恒便是理想人选，但如今却换成了一个外人。湘军在那里经营了数年，对于不属于自己人的马新贻，自然无法心服，而且对两江总督这一肥缺拱手让人，心有不甘。无怪乎当时李绍泉曾说：“若七年秋不妄更动，或谷山（指马新贻）僻在海滨，竟免斯厄。每读负乘致寇之语，不禁瞿然。江介伏莽最多，非权极重，不足销无形之隐匿也。”表明他担心马新贻无法镇住两江。这也是马新贻虽然高升两江总督，内心却大为不安的原因，也是岛津洋子推测马新贻可能为湘军集团所杀的一个重要根据。毕竟他就任的地方，有股庞大的势力对他不怀好意，而且仁曦太后所秘密交给他的任务，势必又会得罪这股势力。
此外，尤其令仁曦太后不安的是，在平定叛乱的这十几年来，湘军的扩张迅速，圣平天国失败后，当时民间就有传言曾伯函有野心，而他的部下也早就怂恿他谋取帝位。在圣平天国尚未被剿灭时，朝廷不得不倚重湘军，但是如今圣平天国已经被剿灭，仁曦太后已经不可能容忍曾伯函在江南坐大，于是她想方设法把曾伯函调离势力范围两江，接着开始整肃湘军，首先指责其统帅曾伯恒抢掠太过，而且未能有效约束部下，导致湘军军纪败坏，继而便开始裁撤湘军。
但是湘军的裁撤很快便形成了严重的社会问题，军人走投无路，浪迹各地，触目皆是；而许多帮会如天地会、哥老会也就趁机扩充势力，失意军人相继加入，以团结谋求生存，这批人心怀不满，自然是一致的，而且成了社会的一大公害。孙衣言在给马新贻立的“神道碑”中说：“自洪火秀以奸民乱天下，用兵十年，仅乃戡定，而人心逐益不靖，贼徒跳免，武夫悍卒流落，含毒睢盱，往往窃发，大官便文自营，率不肯穷治，民益无所惩畏，内自辇毂，外洎通都大邑，怀白刃入官寺，狙杀长吏，岁或再三作。”确实是当时社会问题的写照。
对待这一问题，曾伯函与马新贻的政治方略是截然不同的，曾伯函为政从宽，马新贻为政从严，故孙衣言在“神道碑铭”中又说：“初大学士曾公既已兵定东南，遂欲与民更治，卵翼涵呴，一切治以阔略。及公继之，则务引绳墨为综核，盗贼得，立卽诛死。小人固多不便。”两人宽猛作风的不同，相形之下，马新贻自然成为众所怨怼的对象。比如他在惩治散兵游勇时非常严厉，尤其是他任命以剽悍著称的袁保庆为营务处总管，抓到危害百姓、有非法行为的散兵游勇，就地正法，故散兵游勇对他恨之入骨。其它例子如彤郅八年六月十五日，湘军鼎字营为了索饷在韩庄叛变，马新贻一边迅速“查出滋事勇丁鲁万隆等五人，立即正法。”随后又借机将鼎字营分批全数遣散，如此一来，又不知得罪了多少湘军兵勇。
马新贻自己也曾在《招垦荒田酌议办理章程折》中说：“游兵散勇，大抵皆无籍之途，久在军营，桀骜难驯，虽已撤散为民，情性不能遽改，人皆望之生畏，且素不务农，耕耨非其所长，若令兵民相处，气类不同，安望浃洽，难保不激成事端，兵勇垦荒之议断不可行。”这也使的那些被裁撤的湘军恨透了他，因为马新贻断了他们一条生路。长此以往，积怨总有爆发的一天。马新贻生前也曾对这种情势感到忧虑，所以孙衣言曾说：“端敏公虞楚军不可独用，奏调怀北旧部，招标兵三千，置营金陵教练之。”一方面将湘军裁存两营，一方面调淮军驻防各地，并将省城的防卫交予新兵营，新兵营有六个营约3000人，这些布置并非无因而发，马新贻本身亦明白湘军对他心怀怨恨，故作此部属。
另外，岛津洋子认为，马新贻所担任的两江总督一职本身也容易引起湘军集团的忌惮和敌视。
大乾帝国自建立以来就设有总督一职，凡文职道府以下，武职副将以下，都由总督奏请任免，可谓封疆大吏。圣平天国之乱以前，大乾朝廷都讲究乾纲独断，全隆皇帝就说过：“朕以为本朝纪纲整肃，无名臣亦无奸臣，何则，乾纲在上，不致朝廷有名臣、奸臣，亦社稷之福尔。”在这样的情况下，总督虽有封疆大吏之名，但无其实。然而一场持续十四年之久的圣平天国之乱改变了这一切，为了镇压圣平天国大乾朝廷不得不利用地方督抚，如曾伯函、胡林义、左季皋、李绍泉等人和他们手中的湘、淮军。但在这一长达十四年之久的战争过程中，很大一部份原属于中央政府的权力包括军权、财政权等均落入地方督抚之手，地方权力开始扩大。湘淮系的督抚也经常保持在十人以上，此时湘、淮两军可谓“偏、裨皆可督抚”。
而在所有总督职位当中，节制安徽、江苏、江西三省的两江总督最为重要，虽然名义上直隶总督为疆臣之首，但直隶地近京畿，上有朝廷，下有顺天府尹，位尊而权轻，所以算不上什么好职位。而两江总督则不同，一来天高皇帝远；二来大乾帝国三分之二的财政收入来自两江，故实为封疆大吏中的第一肥缺。
两江总督本来多为渤人担任，但圣平天国之乱后，主要由湘军系统的人所控制。岛津洋子调查过刺马案前后担任两江总督的官员名单，以上前后九任总督共计七人，曾伯函就担任了其中三任，而且马新贻的前任及后任均为曾伯函。另外除了马新贻，其余六人当中曾伯函、李绍泉、张树声、刘昆义皆为正宗的湘淮系人马，而李宗羲和何璟原先也都在曾伯函手下做事，后来逐渐高升。在七位总督中，除了马新贻之外其余皆有湘淮背景，中间偏偏出现一个与其它人格格不入的马新贻，这点就颇有玄机，此乃朝廷刻意牵制湘军势力的一个举措。因为马新贻几十年来一直没有自己的军队，严格说来他既不属于楚系，也不属于淮系，更不属于湘系。
但是在湘军集团看来，这是对自己的削弱，或者无视。毕竟战争刚打完，本来按照常理，是要按功劳和实力来论功行赏的，马新贻虽然也参与过战争，但他的功劳很有限，不是大功臣。如今这么快就荣升如此高位，没人能服气，由湘军的角度看，这更是朝廷的不公。杀了马新贻，给朝廷下马威，让封赏回归公平，从他们的立场来看，何尝不是一种合理的选择？李绍泉的话更提升了上述论点的可信度：“湘人习气之重，他人视为棘手……选州必于湘人，朝廷亦深顾虑。”他亦对曾伯函说：“两江地大物博，断非师门莫办。”
这样推断，岛津洋子坚信，湘军集团可能为刺马案的主谋。
接着岛津洋子分析了刺客张文祥这个人。从搜集来的现有的资料来看，张文祥的文化程度并不高，其平日所来往者，多为中下阶层的人，有些资料上记载张汶祥曾在浙江新市镇上开过小押店，其友人亦多在新市镇，而这些人的身份则多为退伍军人，因而可以推测他们背后，可能隐藏着某种帮会组织。马新贻生前也曾说过：“各路裁撤勇丁，络绎不绝，虽经随时资遣，而不法游匪潜踪逗留，乘闲劫掠，到处皆有，其中更有结盟拜会之徒，存心尤为叵测，若非置重典，不足以警凶顽。”
既然张文祥所来往者不乏帮会份子，而这些帮会成员又与湘军集团有着千丝万缕的关系，因而湘军为幕后主使的可能性更加上升。
协助岛津洋子收集材料和分析案情的雾隐武右卫门则认为，曾伯函本人就是刺马案的主谋。因为从案件的实施，到舆论的有力配合，以及对审案的精心策划和对结案的精明设计，都说明它出自高人之手。而在湘军中，曾伯函毫无疑问是最具备这个能力的人。之前便有人说，朝廷调曾伯函去做直隶总督，是明升暗降，是调虎离山。用个新人马新贻来接他的两江总督，与他平起平坐，是朝廷在湘军的地盘里拱卒，拿马新贻来试一试湘军的应手，但没想到湘军应了最强手。雾隐武右卫门还认为，大乾朝廷早在提拔马新贻时，就做了随时抛弃的准备，因为马新贻常怀腾达之志，但朝中无人，在地方上可谓能吏，且有青云之势，还在曾伯函帐下任过事，对湘军的情形还算熟悉。朝廷投此一子，去紧一紧湘军的气焰，有效便好，无效权当送吃一子，无碍大局。曾伯函对这一政治棋理还是明白的，岂能不知？可朝廷万万没有想到，湘军竟然应了如此石破天惊的一手。(。)