灯光降下，电影正式开始了。
937年的南京，噩梦来临的前奏。作为西门子分部负责人的约翰拉贝和他的妻子dora生活在中国已经近30年了。不过，他们很快就要离开了，他很难割舍把这个分部移交给他的继承人wernerfliess。他爱中国，他知道在这里他是个有号召力的人物，然而回到柏林西门子总部，他只是众雇员中的一名而已。从这一刻开始，一个真实的拉贝出现在大家的面前。
按照《拉贝日记中》的自述，最后的编剧工作是由东方未明和贾彰柯两人联合完成的，在前世剧情主线的基础之上，东方未明和贾彰柯更加真实地塑造了拉贝的形象。他在中国生活了将近三十年，对这个国家已经充满了感情，但他又是一个普通的德国人，他也热爱自己的国家，相信德日之间的联盟之谊。虽然是随大流加入了纳粹党，但也一直认为自己国家那位元首是一个伟大的领袖。其实，此时的拉贝甚至还不知道国内的犹太人正遭受他那位伟大领袖的迫害。他寄希望通过自己德国人的身份，以及领袖的帮助，阻止日军的暴行。当这一切都化为泡影的时候，他仍然坚持着用自己的方法保护着安全区的中国平民，就像他在给希特勒写的信中说的那样，“作为一个忠实正直的德国人”，这是他必须要做的。
银幕上，拉贝庆功欢送舞会上，各路人马一一登场，但谁都知道战争的阴霾已经笼罩在了整个南京城，唯独拉贝自己还抱着一丝的希望。终于日军轰炸了南京城，随后日军攻占了上海。匆匆赶回公司的拉贝，下令打开工厂的大门，用那面被他尘封已久的万字旗救下了来避难的所有人。这是一件多么令人讽刺的事情，也许时间在往前推个十几年，很多中国人甚至其他遭受过法西斯侵略的民族都不愿相信，从一个法西斯手中拯救自己性命的居然是另一个法西斯。不过看到这里的时候，现场的观众没有发出一点声音，因为在这座南京城，半个世纪之前，这一幕曾经真实地出现过，直到现在还被祖辈们口口相传。
直到现在，呈现在众人面前的拉贝，给大家的映像竟是有些单纯，他始终不愿相信日本屠杀中国人的事实，并把日军飞机撒下的“亲和”的宣传单拿到各国代表的会议上来，若非大家提前知道拉贝是这座城市的恩人，他们还以为拉贝会成为日军的“走狗”呢？和拉贝相比罗伯特?威尔逊医生和瓦莱莉?杜普雷更像是一名人道主义战士，他们始终坚持保护中国的平民，并不惜救助中国的士兵。正是因为拉贝始终表现出的单纯与善良，所以当大家看见他接受安全区国际委员会主席一职时，虽然有些不愿否认自己的想法是错的，但是还是承担起了这个重任，以至于最后他说出“其实这一切都是理所当然的事，从我们方面而言，它与某种英雄品质并无任何关系”时，大家一点也不觉得奇怪。
由于贾彰柯这版《拉贝日记》删减了一些后仍然长达160分钟，所以在表现张净初那个女学生的角色以及原文康那个最后留守南京被俘的中**人的角色更加丰满起来。除了拉贝的视野之外，观众们也看到了中国人自己的反抗与坚持、绝望与新生。虽然这种抗争相较于整座城市的黑暗，只是星火之光，但正如张净初扮演的那位女学生的弟弟举枪射杀日本兵一样，幼小的生命正是中国人的明日之光，他们才是“中国不会亡”的希望，而不是一句空洞的口号！
影接下去呈现给观众们的是整个安全区的情况，大家看到的“安全区”其实上完全称不上真正的安全，很多时候这些外国友人面对凶残的日本兵也只能是无可奈何，他们随意闯入安全区奸淫辱掠，杀害俘虏，为了搜查随意地就可以让金陵女子大学的女学生脱去自己的睡衣，这便是南京城最黑暗的那段岁月。除此之外，安全区20多万人的吃饭问题也成了拉贝这些国际委员会成员的大难题，日本军队严格限制安全区的粮食供应，而杜普蕾女士还要帮助藏匿在女子大学的几百名中国士兵。安全区和整座南京城一样都面临着生死存亡的危机。
拉贝四处奔走，他并不惧怕日本人，连在南极大屠杀的刽子手日本亲王香宫鸠彦也敢据理力争，这便是他作为一个人的觉悟，和当时的日本人形成了鲜明的对比。但他的一切努力在丧心病狂的日本人面前，起到的作用微乎其微，连自己的中国司机也惨死在了日本兵的“百人斩”竞赛之下，他见到的只是越来越多的中国人被杀，安全区之外已经成了一座“死城”。
就在日军在南京城犯下滔天罪行，拉贝等人苦苦支撑着安全区的时候，各国领事和媒体终于又回到了南京，拉贝也在这个时候被重新调回德国，在国际社会的视线下，以及全国如火如荼的抗日运动中，日本人也逐渐收起了在南京城的爪牙，将更多的注意力集中到了全国各地的抗日战场之上。南京大屠杀虽然暂时结束了，但更多更残忍的屠杀还在中国大演，拉贝离开了中国，却让越来越多的人认清了日本丑恶的嘴脸，全世界反法西斯战争在不久之后彻底地爆发了……
到拉贝离去，大家知道这部电影马上就要结束了，码头上，南京城幸存的男女老少和拉贝依依惜别，可谁都未曾料想到，拉贝这一去等待他的确是一个凄惨的晚年。当电影落幕，最后银幕上留下一段中英德三国语言的字幕：“南京大屠杀期间，在安全区庇护下得以幸存者远超过二十万，尽管如此受害者的数目仍然是惊人的，根据普查所得至少有三十万遇难者，直至今天，日本政府仍然拒绝承认有南京大屠杀这回事，约翰拉贝返回德国后，以涉嫌勾结中国人的名义被逮捕，他被禁止讲述在南京的经历，他的日记被没收，六十年后才重见天日。战后，盟军起先拒绝为他出示非纳粹的证明，在英国方面拘禁并审查他了之后，前苏联方面又再度把他丢进监狱，他入狱的消息传到南京后，南京还是掀起了一个不小的捐款热潮，人们倾囊相助凑齐了几千美圆，才将他赎出监狱，恢复了半自由的身份。再然后，在很长一段时间他被人遗忘，一贫如洗，1950年殁于柏林。”看到这段字幕很多人都掉下了眼泪，而电影最后的一个镜头也定格在他的墓碑上，上面写着“一个好人，一个不屈的人，约翰拉贝”。这就是他一个在中国三十年的德国人的真实写照。
影结束了，两个多小时内，没有一个人离场，当灯光重新亮起，所有人都不约而同地站起身来，在静默了片刻之后，雷鸣般的掌声响起，这样的掌声足足响了3分多钟才慢慢降下来。东方未明看到这样的情景也颇为感动，在周远旁边耳语了两句，周远会意地点点头，将坐在电影院一个角落中约翰?拉贝的长孙托马斯?拉贝的妻子邀请了过来。拉贝夫妇再次走上台和所有的观众们见面，当主持人向观众们介绍拉贝夫人时，她脸上还挂满了泪水，她用颤抖地声音说道：“因为电影拍的太真实，尽管我也参与了剧组的拍摄工作，但在中国，在南京这个事情曾经发生的地方再看一次的时候，我已经控制不了情绪。谢谢大家，没有忘记我的祖父！”观众们再次用掌声回应了拉贝夫妇，他们知道拉贝才是最应该被感谢的人。
拉贝日记》首映结束了，但中国电影圈，关于这座南京之城的讨论却才刚刚开始。因为《拉贝日记》与《南京南京》同时上映，原先关于《南京南京》的暂时被隐藏的评论也终于彻底地爆发了。
暂时不谈国内的反响，这部关于德国人的电影，在欧美，尤其是德国本土获得了当地媒体的广泛好评。欧洲销量最大的日报《图片报》、专为信息精英服务的《焦点》周刊及面向各个年龄段的娱乐周刊《明星画报》都对《拉贝日记》给予了整版报道，著名的《明镜周报》则称“影片首次触及德国社会禁忌，以前只有好莱坞影片如《辛德勒的名单》才敢正面描绘纳粹好人形象。而《拉贝日记》虽然刻画了一个国家英雄形象，但并没有过度神化或浪漫化他”。由德国前联邦总理施密特担任发行人的《时代报》更以《拉贝日记》为契机出版了一期“德国超级大片”专题。著名德文电影评价《拉贝日记》“是一部令人印象深刻并深感震撼的电影。影片以其优秀的国际创作团队而吸引了广大影迷”。《拉贝日记》不仅令德国观众看到了一个此前并不了解的拉贝形象，也令南京大屠杀这一在西方鲜为人知的二战历史出现在公众视野中。尤其是片中日军比赛杀人的“百人斩”段落和强闯金陵女校、医院搜查士兵等场面都让德国观众反响激烈，“以前我只知道奥斯维辛，现在我知道了南京。”德国这个本来就是一个懂得自省的民族，并不是没有听说过日本人在亚洲尤其是在中国的罪行，但这一切都离他们太远，没有谁会告诉他们另一个民族曾经遭受过地狱般折磨。不过现在终于有一部电影出现了，而其中的主角又恰恰是他们的同胞，而且还曾经身为一名纳粹党员，所以这种直观的感受和冲击对他们的影响是巨大的。《拉贝日记》在全球的上映也终于让更多的人重新认识起日本这样一个民族，因为这一次《拉贝日记》正式在日本国内被禁映了。