与此同时，宇宙大帝正在大发雷霆：“可恶！那几个蝼蚁竟能吞噬我的能量，太可恶了！从来只有我吞噬别人的能量，怎么会发生这种事！”宇宙大帝怒吼了几下，渐渐也冷静下来，意识到他遇到大敌了，不过他此时也终于知道自己的长短处。长处是他拥有强悍的能量，如果他直接用能量发动攻击，那刘云他们挡不住，但宇宙大帝的弱点是他的心神，也就是灵魂力量不够强，刚才他想吞噬刘云的心神，结果却撞到铁板，自己的心神反而被抹去一部分，还损失一大笔能量，真是偷鸡不及蚀把米。
实际上，宇宙大帝和元始金刚虽然同根同源，但各有长处。元始金刚擅长创造机械型生命，而他的灵魂力量也很强大，相对的，他掌控的能量就要弱一些，这就是为什么他和宇宙大帝打架最后败逃的原因。而宇宙大帝擅长于毁灭，注重于毁灭能量的控制，而灵魂力量方面就弱了许多。所以，宇宙大帝不能强行改变变形金刚的思维，而只能引诱威震天等人使用暗黑能量来侵蚀心智，最后挑起战争毁灭赛博坦，使得元始金刚的能量进一步耗尽。
不过，宇宙大帝吃了一次亏，下次他决定用强横的能量直接毁灭对手，不给刘云任何的机会。但是，这是否真的管用呢？实际上，他还是低估了刘云的能力。
而元始金刚正在向刘云道谢，如果不是刘云四人抵挡了宇宙大帝的这次远程攻击，恐怕他就要再次身受重伤。
刘云行程不改，仍然带着分舰队去试探宇宙大帝的“武器攻击实力”。
“短距虫洞----开启！”短短的一瞬间，刘云的舰队就已经出现在一颗巨大的钢铁行星附近，因为，宇宙大帝距离赛博坦确实已经很近了。
走出虫洞之时，刘云被眼前的景象震撼了，此时的宇宙大帝正处于星球形态，和元始金刚不同，宇宙大帝不是简单的一个球体表面上多了一些城市，宇宙大帝的星球表面从来没有人敢住在那里，也就没有任何城市，但是，宇宙大帝的赤道之上围着一个巨大的“圆圈”，这就是宇宙大帝的“环形轨道”，变形成金刚形态后，这个环形轨道将变成宇宙大帝的“骨翼”，就像一对翅膀。而眼前这颗星球的“北极”处是一个巨大的洞口，这其实是宇宙大帝的发动机，也是他的巨嘴，这张巨嘴可以吞噬行星，获取能量。同时，巨嘴的旁边是一对巨大的牛角，这就是宇宙大帝头部的牛角，或者说“魔角”，是宇宙大帝的标志特征。
忽然，这颗巨大的星球发出一个嘲笑的信号：“蝼蚁，你们终于来了！别以为你那破舰队就能打败我，有种就来试试看吧，看我宇宙大帝怎么把你消灭！哼哈哈哈……”宇宙大帝一边狂笑着，一边向他的环形轨道传送巨额能量！“嗡！----”一股强大的能量波动从环形轨道之上蔓延出来，很快就在宇宙大帝的表面形成一层坚不可摧的护盾！刘云可以感觉到，这个护盾不仅仅包括力场，还拥有空间壁障的保护！看来，一般的舰队攻击是没法破开这种防御的。
“战巡舰，去试试他的实力！也该是你们这些炮灰发挥作用的时候了！”此时，刘云挥挥手，出动了一千艘战巡舰组成的试探舰队，分散队形向宇宙大帝冲去！
“轰！轰！……”这一千艘战巡舰的主炮开火了，无数道强大的激光向宇宙大帝击去，但是，十多秒钟后，这些激光碰到表面的护盾，全部都像水花溅在钢板上，迅速消失无踪了，根本没有对宇宙大帝造成什么损坏。
“现在发射导弹，夹杂一些反物质导弹，看能否破开他的防御！”刘云皱了皱眉，进行第二步试探。原本他也估计以宇宙大帝这种级别是不怕区区战巡舰的激光炮的，但至少激光炮也能引起一些反应啊，那样就能估计宇宙大帝的总体防御水平了，但现在一点反应都没有，就像游戏里看到大boss的血条都看不到头了一样，让人无从入手。而现在，宇宙大帝也看戏一般让刘云打，透露出一股讥讽之意，根本看不起刘云的这点舰队。
“哼，你所谓的强大舰队就这点实力么？给我挠痒痒都不够！”宇宙大帝冷嘲热讽道。
刘云没有回答，但这时候数百万枚导弹已经击中宇宙大帝了（行星的个头太大，根本没法躲闪，所以这种攻击只要没被拦截就是百发百中）！“轰隆！轰隆！……”一连串的剧烈爆炸在护盾表面产生，但这种能量仍然未能破开防御。宇宙大帝再次狂笑，还要讥讽一番，忽然，数百枚“特殊炸弹”发生空前的大爆炸，耀眼的光芒甚至盖过了恒星！这是反物质导弹爆炸了！
“啊！----我讨厌辐射，我讨厌高温，可恶！----”此时，宇宙大帝吃痛地叫了起来，反物质爆炸产生的高温和高能辐射已经给宇宙大帝造成一定的伤害！虽然这种伤害还不能降低他的战斗力，但这种疼痛就像烫伤一样让人难以忍受！
“啊！----蝼蚁，我要杀了你们！----”宇宙大帝暴怒，猛然间，他的表面一阵变形，一门门威力恐怖的武器露了出来，猛烈开火！
“轰！轰！……”防御较弱的战巡舰纷纷被击中，在太空中爆炸了。其实，宇宙大帝的火力十分强大，就算是战列舰过来也抵挡不住这种程度的攻击。消灭了数百艘战巡舰后，宇宙大帝不耐烦了，忽然周身产生一股毁灭xing的暗黑能量，“轰隆！----”这股能量瞬间吞噬了所有剩余的战巡舰，就这样把它们秒杀了。幸亏这些战巡舰都是无人驾驶，否则就伤亡惨重了。
不过，宇宙大帝的这种“大型杀招”好像比较消耗能量，他自己也不想过多动用，以免影响他和元始金刚的决战。
与此同时，分舰队上的刘云等人已经目瞪口呆了。“果然是宇宙大帝，这能量真是恐怖，看起来他现在的战斗力应该有元始金刚的数十倍！就算我们拼命给元始金刚补充能量，他的战斗力也最多达到宇宙大帝的十分之一而已！”刘云叹了叹气，转身让舰队返回了。这个距离上，宇宙大帝没法发动攻击，除非动用暗黑能量，但刚才他动用的暗黑能量已经被刘云消灭和吸收了，宇宙大帝可不会再重复一次愚蠢的事情。
“刘云，试探结果如何？”刘云的舰队一回来，元始金刚便迫不及待地问道。
刘云道：“我的舰队几乎没法伤到他！但是我发现宇宙大帝的一条弱点，或许足够多的反物质导弹可以对他造成伤害。”
“这个弱点么？其实我也有这个弱点。”元始金刚想了想，最后觉得不可行，“如果你想用反物质炸弹摧毁他，恐怕需要的量非常多。如果你有足够多的反物质，那你可以制造一种叫做‘星球克星’的恐怖武器，可以直接摧毁整颗星球！”说到这里，元始金刚禁不住打了个寒颤，只要想想就觉得这“星球克星”的可怕，他虽然是行星之体，对一般攻击可谓是无敌，但若有能够炸毁整颗行星的武器，那自己岂不是也处于这武器的威胁之下？此时，元始金刚有些后悔对刘云说出这种武器。
“星球克星？”刘云脸上浮现一丝古怪的神色，心道这家伙不会也玩过《孢子》吧。但是，刘云想了想，道，“就算星球克星也不可行，因为那样的超巨型反物质集束炸弹就算有也得想办法扔到宇宙大帝内部才行，如果被拦截那就无效了，如果无法穿透护盾，只在外边爆炸，那效果也大打折扣，根本杀不死宇宙大帝。”
听了这话，元始金刚总算放心了，刘云并没有想制造这种超恐怖武器。
最后，刘云还是想到一个办法：仿造堕落金刚的阿库斯战舰，制造伽马激光炮，只有三级武器才能伤到宇宙大帝。当然中子炮也可以，但现在只有卫星要塞才拥有中子炮，而要把中子炮小型化，还需要一段时间的研制，现在却没那个工夫。不过，就算全体舰队都换装伽马激光炮，也未必能打败宇宙大帝，所以必须想一个必杀的招才行。
于是，在宇宙大帝尚未到达的这段时间内，刘云一方面山寨阿库斯战舰的主炮，并给舰队的战列舰、卫星要塞的激光炮换装，另一方面则让能源之星加班加点给元始金刚提供能量晶体，以尽早恢复能量。但很可惜，直到宇宙大帝到来那一刻，元始金刚的能量也只恢复到原来的八分之一而已，再快也快不到哪里去，仍然没有改变实力对比。
于是乎，本时空内的最大boss----宇宙大帝，终于来了！
“哇哈哈哈……”宇宙大帝狂笑着，对元始金刚道，“primus，我的兄弟，我来了！你应该很高兴吧，你躲了几千万年，现在，你的死期终于来了！”
元始金刚冷冷地道：“宇宙大帝，亏你还记得我们本是同根生，念在你也算是我的‘兄弟’的份上，我劝你赶紧逃走，离开这个宇宙，不要再四处兴风作浪了！要知道，这么多亿年来，你都毁灭了多少个文明，包括我创造的那些。那些都是活生生的生灵，数量不知有多少万亿，你却为了向我复仇而毁灭了他们，真是罪大恶极！”
“呸！那些蝼蚁，就算杀得再多也根本不算什么！”宇宙大帝怒斥道，在这一点上，他和元始金刚有着根本的观念差距。忽然，宇宙大帝讽刺地道：“我的兄弟，你还真是有出息啊，最喜欢创造那些小不点，看他们生活、发展，最后，你还倾尽心血创造了一种和你最为接近的生物，叫做‘变形金刚’。你以为这个种族能发展壮大，最后能对抗我？哼，看看他们都做了些什么，先是被一个外来种族‘五面怪’征服，好不容易得到du li，又陷入无休无止的内战之中。哼哈哈哈，这算是对你的一大讽刺了吧，你辛辛苦苦创造了这么多东西，到头来还连累了你自己，你这又是何苦？”宇宙大帝说这话时，透出一股轻蔑之色，他一向看不起元始金刚这种行为。
“他们内战的原因我还不清楚？那都是你捣的鬼，而且你还毁灭了我身边的这颗恒星，我看得一清二楚！”元始金刚谴责道，“看来你是死不悔改的了，你就是宇宙的公敌！今天，你就要葬身此处！”
“哇哈哈哈，真是太可笑了！”宇宙大帝狂笑起来，良久之后，才上气不接下气地道，“你想杀我？凭什么！就凭你这残破的躯体，还有旁边的四个蝼蚁，还有这些垃圾舰队？哼，我今天让你们统统化为宇宙尘埃！”
“喝啊！----变形！----”此时，宇宙大帝开始缓缓变形了，从星球形态转变成金刚形态。宇宙大帝的真身拥有一对牛角，后背还有一对骨翼，这是他的“环形轨道”转化而成的。在变形的过程中，他的各种战斗武器也渐渐露了出来。看起来，宇宙大帝要全力一搏了！
像宇宙大帝这样的人物，变形是需要相当一段时间的，因为他们太巨大了，足有星球般巨大。就在此时，刘云忽然出动了，他想到一个对付宇宙大帝的主意！
“快！加速，加速！趁这个时候宇宙大帝没有护盾，我们潜入他身体内部大肆破坏！”此时，刘云正驾着一艘“游骑兵”战巡舰飞速向宇宙大帝开去！之所以不用战列舰或母舰，是因为战巡舰的速度极快，至于慢腾腾的卫星要塞就更加不用考虑了。在这个距离上，元始金刚没法攻击宇宙大帝，但刘云的战巡舰却能轻易飞到其附近！
此时，宇宙大帝的球体正在慢慢裂开，而刘云的战巡舰正好钻了进去！刘云随手发射了一批普通导弹，轰然攻击到宇宙大帝的腹部，虽然没有造成什么伤害，但这行为却是对宇宙大帝的严重挑衅！
“可恶的蝼蚁，竟敢在这时候偷袭！我要杀了你们！”宇宙大帝愤怒欲狂，但他这时尴尬得紧，变形还没完成，就被敌人钻进内部。如果继续变形，那么刘云还会继续攻击，继续挑衅；如果恢复星球形态，说不准元始金刚这时候就要杀到。宇宙大帝一时间陷入两难境地。
忽然，刘云向梅青三人示意了一眼，然后，四人直接从战巡舰中跃出，而战巡舰则径直向宇宙大帝的深处飞去！
这时候，刘云四人已经能够不依靠设备就能在太空中行进，而且自己也能制造一个空间提供空气，隔绝有害辐射，不用担心恶劣的宇宙环境。这一切都是通过能量控制手段实现的。
刘云四人直接飞入宇宙大帝腿部附近的缝隙中，而那艘战巡舰则满载着反物质，径直向宇宙大帝深处撞去！
“轰隆！----”前所未有的超级大爆炸，在宇宙大帝的胸腔处发生！耀眼的强光、骇人的超高温、毁灭xing的高能辐射，正在肆意毁灭着宇宙大帝的身体！而刘云四人已经避开反物质大爆炸的直接冲击，然后用空间壁障保护自己，才能保得无虞，但宇宙大帝自己可就惨了！
“啊！----痛死我了！可恶的蝼蚁！----”宇宙大帝惨叫一声，这时候他已经受伤了，伤势还颇为严重。此时，他已经暂时失去变形能力，“轰隆！”一声，刚刚张开的球体立马又合了起来，震得整个球体不断震颤。
而与此同时，刘云四人已经进入宇宙大帝身体内部，要知道，这可是一颗土星般大小的行星，内部空间宽阔无比，即使一条小小的物质、能量输送的毛细管道，相当于毛细血管，也能装得下几万吨的大家伙，更何况是人了。
“哈哈！看我的新手段----能量分身！”刘云右手一挥，顿时一个金光闪闪的能量分身飞了出来，以惊人的速度直接向前飞去！
“轰隆！轰隆！……”那能量分身不断释放出“炸裂球”、“冲击波”还有高能激光束等种种破坏手段，不断轰击着宇宙大帝的身体内部！
“哼！光你会这一手吗？我也会！”梅青柳眉一扬，瞬间也分出一个能量分身出来，只是这能量强度比刘云的小多了，但仍能大肆破坏！此时，白万松和朱小妍也不甘落后，分出能量分身，加入破坏者的队伍，一时间，宇宙大帝的内部爆炸连连，弄得到处尘烟滚滚、残骸满地！
“哇呀呀呀----太卑鄙了！看我的反制手段！”宇宙大帝怒了，顿时调动暗黑能量，瞬间生成一大群变形金刚，形成一支大军，向刘云四人进攻过来！
不过，接下来的情况让宇宙大帝目瞪口呆，因为刘云他们又分出n个能量分身，也形成一支更加精锐的大军，摧枯拉朽地横扫那些暗黑变形金刚！没办法，刘云现在的能量是“准圣”后期级别，而梅青他们的也有“大罗金仙”巅峰的级别，就算多分出一些分身，也只是境界下降几级罢了，仍然不是普通变形金刚所能抵挡的。
此时，宇宙大帝真的怒了，亲自化成变形金刚般大小，前去攻击刘云四人！
“小心！宇宙大帝亲自过来了！”刘云一边提醒，一边把他所有的能量分身收缩成一个，这时候的能量最为精纯，实力也最强。梅青他们也纷纷收拢分身，向宇宙大帝攻去！