1907年4月5日，清明节，此时，刘云已经返回四川成都的基地，正在闭关修炼中。此时，他觉得自己离突破只剩临门一脚了。
“功法的第三层次----操作系统层次，分为初级操作系统、中级操作系统、高级操作系统、智能操作系统和世界操作系统五个阶段，这是功法最强大的阶段。突破到操作系统层次后，就跟原始的程序有本质的区别，不仅仅心神更强大，能够操纵精细的物体，更强的是，具有攻击力和防御力！”刘云想到这里，忍不住心神澎湃，不过，他越是想突破，就越是突破不了，这可让他着急起来。
“冷静！冷静！”刘云暗暗告诫自己，但是，冷不冷静不是轻易做到的，他自己心情如此激动，若无外力作用，如何能冷静下来？这就是欲速则不达了。
又过了两个小时，刘云仍然距离突破只差一线，他现在的心神程序数量已经非常庞大了，但并未形成一个完整有序的系统，一个有组织、自洽的系统，只是散乱的各种程序的集合。虽然现在他处于“程序精简”的阶段，每一个程序都已经十分精简，单个程序效率已经很高了，但还不足以形成系统。打个比方，每一个程序就像一个士兵，虽然士兵个体战斗力很强，但没有一整套完善的军队系统，这些士兵就是一盘散沙，发挥不了多少战斗力。只有组成一支纪律严明的军队，才能发挥强悍的战斗力。
“怎么这么久？”梅青在门外已经等了好几个小时，忍不住开门看看，顿时发现刘云满头大汗地坐在那里，心神不宁，惊道：“你怎么了？！难道、又遇到心魔了？”
刘云勉强笑了笑，道：“没事，我只是有点着急，为什么还没突破，唔……”
忽然，梅青坐前，伸手抱住刘云，此时，她像抱小孩子一样，将刘云的头放在自己胸前，搂住他，安慰道：“不要急，慢慢来，我相信你一定会成功的。”
刘云不自觉的环抱着梅青的纤腰，脸蛋贴在梅青的胸前，嗯，虽不是波涛汹涌，但也很有感觉。不过，这次却没带着任何的欲念，反而觉得很心安，好像呆在母亲的怀里一样。这一瞬间，刘云的心情平静下来。忽然，一股清凉的气息传来，刘云似乎找到了那个临界点，突破！
此刻，刘云的头脑极度清晰，条理极为分明，用心神观看周围的世界，仿佛一切都在眼皮底下，仿佛这世界隐藏的秘密无所遁形！就在突破的那一刻，大量的心神程序分解了，分解成最基本的太极子，然后，自发组成一个简易的操作系统。首先，是“硬件层面”，这个“初级操作系统”，能够某种程度控制一些物质和能量，这方面还负责了对外界的输入和输出功能。然后，“软件层面”，太极子首先组成了“运算器+控制器”，然后就是储存器，加外部接口的输入和输出，这样就相当于一台计算机了。不过，初级操作系统远远超过普通概念的计算机，因为，它是刘云的心神形成的。人的心神本来就是世界最神秘的东西，这个初级操作系统自然也很强大。
以前，刘云的心神程序只是一大堆散乱程序的集合，现在，他已经将其形成一个操作系统了，里面承载着各种已经集成了的软件，这是以前的心神程序的有机集合，可以实现多种多样复杂的功能。自然，以前所能做的，现在也能做。最大的区别是，以往刘云要消耗一部分心力去运行这些心神程序，而现在，这些繁杂的工作，都交给操作系统了，他自己只需发出几个简单的命令，就好比电脑的操作者，只需敲敲键盘，点点鼠标，而计算机本身却在进行纷繁芜杂的运算。
另外，这个初级操作系统，还拥有攻击和防御的功能，这功能就体现在对物质和能量的控制。现在，刘云可以展开操作系统，使其控制一片区域，在这片区域里，刘云可以实施绝对的控制，包括物质和能量！当然，控制的限度，还是不能超出区域本身拥有的能量总和，毕竟能量是守恒的。另外，所能控制的层面，也受修为的影响，以前刘云的心神能控制到原子的层面，现在迈进一大步，已经能控制原子核了！也就是说，只要他愿意，他完全可以自由控制区域内的原子发生聚变！
当然，聚变是需要能量的，也就是能量投入，这部分能量从哪来？没办法，只有从自身来，就是自身**的能量。但是，如果刘云想用心神形成的操作系统来产生核聚变，那么可以先控制少量氢原子聚变，再收集聚变产生的能量，进行下一次聚变，这样能量一次次增加，就可以产生大规模聚变了。但是，这样做有很大的危险性，为什么？你看见过有人愚蠢地让一颗氢弹在自己面前爆炸吗？
忽然，刘云心念一动，右手一挥，顿时，他面前出现一面黄色的光盾，这个光盾迅速前进，前进大约五米之后消散。刘云估计一下这光盾所能产生的压力，大概有两百多吨，如果和人打架，这玩意儿应该挺有用。然后，刘云挥手横削，顿时，一道半月形的黄色能量刀刃出现在十米远处，挥手就斩断了一张桌子。嗯，不错的攻击技能。另外，他还可以在自身周围用心神撑起一道球形护盾，原理跟光盾、能量刀刃一样，都是控制这个区域里的能量，不过这个护盾是稳恒的，可以抵挡一定程度的攻击。“嗯，这些能力，光从数值看，能增加我一倍的战斗力，不过，若算突然袭击的方式，以及射程的加成，就不止一倍了。”刘云对初级操作系统附加的攻击和防御功能做了一个评价。不过，他还是更喜欢让部队去群殴，而不是自己冲前单打独斗。
当然，初级操作系统的攻击力和防御力，是随着修为的加深而增强的。而初级操作系统的控制区域，现在是方圆百米，以后会迅速增长。当然，心神的扩展范围比这广得多，突破之前刘云的心神就能扩展到1光年以外，太阳系外的奥尔特云附近，如今，更是能扩展到10光年以外，足足增长了10倍！不过，在这个时空里，外围的空间不是无限的，所以最多也只能扩展到奥尔特云处。
诸位可能要问了，从物理说，不存在超距作用，也就是瞬时作用，这就是说，任何的相互作用，其传播速度都是有限的，物质世界的传播速度限是光速，如今刘云的心神为何能在极短的时间到达1光年甚至10光年以外？其实，这不是超距作用，心神的扩展也是有速度的，只是这速度跟心神强度有关，心神越强，扩展速度也越快，像鸿钧这样的牛人，基本是一瞬间心神就能跨越百亿光年，这个“瞬间”的概念，难以量化，但是可以说，这个时间远小于原子振动的时间。心神的速度，自然不受物质世界光速的限制。况且，光速也不是绝对的限，而是跟空间的强度有关。现在我们所处的宇宙，光速是30万公里每秒，若宇宙形成时的参数有所变化，那光速是否会变化？答案是肯定的。所以，严格的说，光速，应该指定是一定空间强度下的光速。注：以“理论”纯属虚构！
刘云的功法突破了，刚才他正在感受着功法突破到新阶段的快感，却没注意到，搂着他的梅青，此时已经瘫软如泥，目光中透出无限的迷醉和诱惑，仿佛已经迷失在刘云怀中。此时，刘云才发现这一点，苦笑道：“这，好像就是功法突破时的‘副作用’。”
刘云爱怜地看着怀里的梅青，轻抚着她光滑的背部，嘴里喃喃地道：“乖啊，如果感觉舒服，就在我怀里睡一觉，乖。”
“嗯……”梅青从刚才迷醉的状态中恢复了一些，抬起头，眼神迷离地看着刘云，嘴唇娇艳欲滴。此时，她心里有一种羞涩，但更多的是一种莫名的快感，“坏家伙，抱、抱紧我，抱一会儿，我就好……”梅青的双手更加用力地搂着刘云，似乎要把整个身子融入他怀中。
刘云感受到怀中娇躯的火热，忽然，他俯身下去，轻轻噙住她娇嫩欲滴的红唇，然后，不自觉地吮吸起来，舌头忍不住伸入梅青诱人的小口，挑动着她的小香舌……
“唔……”良久，梅青的心神恢复清明，想到刚才自己的表现，顿时面色潮红，害羞得低下头去。
“呵呵，”刘云刚刚那是相当爽，人家都投怀送抱了，哪能不占点便宜？
“坏人！”梅青娇嗔道，忽然她不知哪来的力气，从刘云怀里挣脱出来，飞一般逃离出去，逃回自己的房间。“砰！”梅青关门，微微娇喘着，想起刚才的旖旎，心儿仍然怦怦直跳，脸蛋也发烧不止。“臭家伙，下次、下次你突破的时候，打死我也不靠近了！”不过，她内心还是很渴望刘云再突破一次的，似乎那个时刻，他的魅力比平时大了许多，简直就是让人不能自拔!
刘云突破了，此时，他也发现，自己能够操纵原子核之后，重子操控技术立即突飞猛进，以前没能弄懂的东西，如今一切豁然开朗！另外，从变形金刚----威震天那里扫描来的东西，也瞬间消化吸收了，此时，他已经掌握了其中最有用的技术----第二代机械肌肉纤维，以及自动修复装甲。这个自动修复装甲，功能和纳米自动修复装甲类似，但装甲强度和修复速度不可同日而语。在影片中，变形金刚被人类的导弹、火炮击中后没有任何事，而且，在高强度的攻击下，就算损伤了，也能像变形一般迅速修复，时间只需几秒钟！这里面，自然有他们的灵魂----火种的功劳，但是，他们本身的“骨骼”、“肌肉”和“皮肤”，也就是他们的机体，本身就有这种自动修复功能。如果和以前的纳米自动修复装甲相比，那么，旧的纳米自动修复装甲，原理就像人出血后血液凝结止血一样，这是一个相对缓慢的过程，而变形金刚们的自动修复装甲，就像他们变形一样快！
刘云掌握这两种技术，如果用来制造武器，那么这种武器只要不被一次攻击摧毁主体，就能快速恢复！当然，这种恢复也是需要能量和原料的，虽然原理和形式跟纳米技术不一样了，但没有能量和原料也不行，巧妇难为无米之炊嘛。
至于变形金刚的变形能力，刘云没有扫描到。结构的变形，相对容易，但变形金刚的变形绝不仅仅这么简单，例如，一辆r汽车，无论如何也没法变成大黄蜂，光是体积就不可能。变形金刚的变形，更多的是依赖他们的火种，来自火种源的能量，这种能量，使他们身的机械重构，所以才能发生这么大的改变。注意，他们的重量并没有变化，原因很简单，质量守恒，大黄蜂变成体积小得多的r汽车，重量没有改变，仍是这么重，简单的考虑就知道，这汽车的某些部分密度一定增大了。变形金刚们肯定有各种缩小体积的技术，例如他们能把巨大的火种源魔方，变成人类小男孩能够怀抱的东西，而重量……也变轻了，但火种源本身蕴含的能量极为巨大。根据能量守恒定律，以及质能公式，那火种源本身一定有反重力的东西，除了反重力，还应该有各种力场，在表观改变“惯性”，不然这么巨大的火种源，质量很大，小男孩怎能抱着它到处跑？
变形金刚核心的技术，刘云并未得到，但他得到的这两种技术，足够使他们的军械发生一场革命了。
突破之后，刘云自己并没有马应用第二代机械纤维、自动修复装甲这两种技术，而是将这两样东西交给梅青，嗯，让她去开发，把技术变成产品。当然，开发过程中白万松和朱小妍两人也有参与，不过他们水平虽然也很高，但和梅青相比还有差距，更不用和刘云相比了。
刘云这时候在干嘛呢？他在研究重子操控技术，现在他的心神能够操控原子核，这项技术马就要突破了！
“唔，想不到，利用重子操控技术，能形成丰富多彩的‘异形核’，其中变化，比原子核要多得多！可谓是变化无穷了！”刘云刚刚“组装”出一个由夸克组成的异形核，这个异形核的形状不是球形，而更像一个缩小的纳米机器人。原子核、夸克的尺寸比原子小得多，尺寸只有原子的十万分之一，体积更小，只有一千万亿分之一！而今，这样一个小小的异形核，却是一种从未出现过的元素！当然，其实也不是元素，因为它已经不是通常概念的原子核了。
眼前这个微小的异形核，它有一个非常好的特性，就是有一高一低两个稳定的状态，双稳态，而这两个状态间的能量差，足有1000ev兆电子伏！当然，这个异形核的原子量也很大，九百多原子量，相当于九百多个质子或中子，但在这个核内并不是普通意义的质子或中子，而是夸克组成的特殊结构。
我们知道，原子核的质量数大约等于原子量越高，核本身就越不稳定，越容易衰变。在地球，人们声称已经发现第112号元素，甚至更后面的元素，但这些元素只是在加速器里“一闪即逝”，人们只能捕获其遗留信息而已。高质量数的原子核不稳定，是由其内部的强相互作用决定的。刘云现在根据重子理论，造出这样一个异形的超重核，其结构却能够让其十分稳定，而且还有两个稳定的状态，这是十分奇特的性质。这第一个成熟的异形核，刘云称之为“双稳态高能核”，或者直接称“高能核”，这个概念跟纳米机器人里的“高能能量体”类似，都是用来储存能量的。
刘云仿照纳米机器人的概念，利用重子理论的原理，和重子操控技术，造出一系列的异形核，刘云将其命名为“转换核”、“记忆核”、“催化核”、“转录核”、“装配核”、“分解核”这一系列的异形核。其作用分别为：
转换核：一种能量传递媒介核，能将高能核的能量传递给大量的电子，变成化学能，配合纳米机器人，可以方便而高效地利用高能核里的核能。
记忆核：功能同纳米机器人的记忆体，类似于dn。
催化核：这是一类异形核，类似酶，功能同纳米机器人的催化体。
转录核：类似rn。
装配核：同纳米机器人的装配体，类似核糖体。
分解核：同纳米机器人的分解体，可以将异形核或者普通原子核分解成一个个质子、中子，或者夸克组成的其他粒子，如介子。注意通常情况下没有单独存在的单个夸克，这部分内容参看“夸克禁闭”。所谓“夸克禁闭”，简单的说，就是没办法把两个夸克分开，让夸克独立出来。当你花费大力气把两个夸克分开的时候，你所花费的能量超过一定的数值，这时就会再产生一对夸克，此时你得到的不是两个独立的夸克，而是两对夸克分别形成的两个介子。例如，π正介子由一个夸克和一个反下夸克“反”是反物质的意思构成，如果把这两个夸克分开，那么当付出的能量达到一个π正介子的能量之时，就会产生一对新的夸克----反下夸克和夸克，这时你将得到两个π正介子。
注：所谓“重子理论”和“重子操控技术”是虚构的，但夸克禁闭是夸克理论的内容，不是虚构的。
做出这么多异形核之后，刘云心中一阵舒畅，因为这就意味着，这些异形核可以自我复制了，就跟纳米机器人一样。当然，这些异形核的复制和大部分的行为都需要能量，而且这能量还不小，都是ev的量级，而这些能量，只能由高能核中来。
由于刘云是参照纳米机器人制造的这些异形核，所以他把这些异形核称为“夸克机器人”，或者“重子机器人”，一般人可能觉得夸克机器人比较容易接受一些。