清朝定鼎北京，先后镇压各地农民起义，消灭南明三个小朝廷，用20余年的时间基本结束了大陆上的武装抗清斗争。满族成为全中国的统治民族，政治、经济地位均发生显著变化。满族统治者统治全国，不能不联合汉族地主阶级代表和蒙古等少数民族贵族，但这种联合并不是一种平等关系。满族统治者旨在扩大和巩固自己的特权地位，确立起“首崇满洲”的原则、并作为有清一代恪守不变的国策。
（一）维护满洲贵族特权
世祖曾标榜：“朕不分满汉，一体眷遇”，实际上却以“首崇满洲”为圭臬1，中枢机构均重用满族亲贵大臣。议政王大臣会议是满族贵族控制国家的重要工具，拥有很大权力。参予议政的成员除宗室贵族亲王、贝勒、贝子外，还有满洲的勋臣贵戚。康熙初，满洲、蒙古八旗都统和各部尚书俱为议政大臣，唯汉军与汉人无权参与。会议设有“议政处”，每届朝期，议政王大臣们聚集皇宫中左门外会议，“清朝大事，诸王大臣企议既定，虽至尊无如之何”2。体现出满洲贵族在清政权中举足轻重的核心地位。
多尔衮摄政时，曾以内三院为六部之首，如明朝内阁之制。大学士品级，满洲一品，汉人五品，满尊汉卑。世祖亲政以后，撤销内三院，以原内三院满汉大学士兼管各部事，正式改行内阁制。内阁大学士表面上满、汉各半，实则汉大学士班列满大学士之次，不问政事。崇德年间六部一度只设满尚书，1648年（顺治五年）实行满汉尚书复职制，实权操于满官之手。“京堂俱一满一汉，印归满官”3。康熙初年划一满汉官品级后，同样是满官权重，汉六部九卿只是奉行例行公事，“满人謦欬，无敢违者”。
满族统治者在进行封建政治制度建设中需要汉臣的参与，但又要防止特权为汉臣所侵夺，特别创立了分缺制，以确保对中央和地方高级职务的占有。为此，将中央机构的职务即“缺分”，分为宗室缺、满洲缺、蒙古缺、汉军缺、内务府包衣缺和汉缺。康熙《大清会典》共载内阁、六部等13个中央机构中有品级和无品级额缺2082个，大部为满洲和内务府包衣占有。1汉军和汉人的额缺325个，仅占15.6％。对于地方官员，满族统治者重视的是督、抚一级人选。1647（顺治四年）至1735（雍正十三年）90年间，旗人任督、抚的共计770人，其中汉军十居其七，满洲十居其三，蒙古仅二人2。而边疆大吏如驻防将军、副都统、参赞大臣、办事大臣，则由满人专任。就全国官员总数而言，汉人多于满人，但京城内外文武要缺，则满人多于汉人。由于有满洲只任六品以上官的规定，保证了人数较少的满人集中控制中央和地方的要职。
满族贵族不但通过一定制度，将自己的政治特权固定下来，还采取措施，试图把这种特权地位永久保持下去。对皇帝一族的宗室、觉罗（清制：清太祖以下支派称宗室、其疏者称觉罗）锡予封爵，1653年（顺治十年）定，宗室封爵自亲王、郡王、贝勒、贝子共十等。其中礼亲王、睿亲王、郑亲王、庄亲王、豫亲王、顺承郡王、克勤郡王，“皆国初有大勋劳者，世袭不降封”3，俗称“铁帽子王”，世代承袭不替。其余宗室王公封爵以世递降，贵族子弟根据爵秩高低领受高官厚禄。对满族异姓功臣、贵戚封以世爵，即所谓“民世爵”，分为公、侯、伯、子（精奇尼哈番）、男（阿思哈尼哈番）、轻车都尉（阿达哈哈番）、骑都尉（拜他喇布喇哈番）、云骑尉（拖沙喇哈番）、恩骑尉九等。清初规定：开创勋劳“不论阶次，咸世袭罔替”4，以确保满族贵族取得的特权，可以传递子孙后代。
满族仕进与汉族不同，并不专靠科举考试。一为侍卫，其中以御前侍卫最显贵。侍卫的挑取，并不是满族的特权，而是满族中人数极少的阀阅世家的特权。清制，内外满大臣子弟，五年一次挑选恃卫，一经入选，往往不数年擢至显职。一为笔帖式（汉译文书），是满人进身的又一捷径。中央各部、院、寺、监均设笔帖式一职，人数最多，几乎清一色满人。笔帖式品级虽低（最高者不过六、六品，低则八、九品），但升迁最快，只要善于奔走攀援，虽目不识丁，不一二十年，亦可富贵，甚至外升督抚，内转尚书侍郎。
满族统治者通过这些措施，为满人进身提供便利之阶。有清一代，尽管汉官的人数在不断增多，地位也在逐渐提高，“首崇满洲”原则却从未动摇，用意是深远的。
（二）旗民差别待遇
满族统治者在维护自己的特权时，总是竭力把自己粉饰成代表整个满族的利益，制造满汉民族的畛域。八旗是清朝统治赖以维持的主要支柱，因此被视为“国家之根本”，享受种种特殊待遇。
经济上，优养旗人。从入关时起，宣布永远免征八旗人了的差徭、粮草、布匹，从此只承担兵役。为了解决旗人生计，保证置办军械马匹的开支，入关之初，圈占京畿方圆259公里内18万余顷汉民土地分给入关旗人，并且禁止旗民交产。对于满族统治者来说，圈占旗地不过是沿用关外时的旧制，但对当地汉民来说，却是**裸地对他们的暴力掠夺。由于八旗兵丁经常出兵在外，又建立起俸饷制度。八旗兵丁俸饷远高于绿旗汉兵，康熙年间八旗马甲每月饷银3两，每年饷米46斛（23石），“计其所得，已多于七、八品官之俸禄”1。更非一般汉民所能攀比。
法律上，实行旗民差别待遇。旗人与民人发生纠纷，州县官无权判决，须依旗民分治的原则，由各旗和地方特设的理事同知审理。民人犯法，有笞、杖、徒、流、死五等刑罚，旗人则享有换刑特权，“笞、杖各照数鞭责，军、流、徒免发遣”2，犯徒刑一年者，换刑枷号二十日；流刑二千里，换刑枷号五十日；犯极边充军的，换刑枷号九十日。旗人犯盗窃罪免刺字，即使是重犯，也不过刺臂而不像对汉人那样刺面；犯死罪者也可减等，由斩立决改为斩监候。《清史稿-刑法志》在解释这样做的原因时说：“原立法之意，亦以旗人生则入档，壮则当兵，巩卫本根，未便远离”。满族统治者视八旗为巩固统治的主要军事机器，所以才在经济、政治、法律上予旗人以种种特殊待遇。满族与其它民族地位的不平等，成为制造民族歧视与矛盾的源渊之一。
二、八旗组织的变化
清朝入关以后，在广大汉族地区继续沿用明朝制度，设置布政使司，后来演变为省、府、州、县各级地方行政机构，任命督、抚、知府、知州、知县等管理民政。与此同时，为维护自己的统治特权，又千方百计保留本族旧有的社会组织和制度，将满人“俱隶八旗”，形成“旗民分治”的管理体系。八旗组织适应统治者的政治需要，发生了一些新变化。
（一）军事职能的加强
八旗兼有行政、经济、军事多项职能，随着清朝对全国统治的建立，八旗的军事职能大为强化了。
清朝为了以较少的八旗兵丁有效控制全国，采取了“居重驭轻”，重点配置的政策。北京是统治的中心，也是八旗驻扎的主要地点，以后为了镇戍地方，将一部分旗兵陆续派往全国各地驻防，于是形成“禁旅”与“驻防”的区别。
禁旅八旗，又称京旗，分左右翼驻扎北京城内。左翼四旗，镶黄旗在城东北，驻安定门内，依次而南为正白旗，驻东直门内，镶白旗驻朝阳门内，正蓝旗驻崇文门内：右翼四旗，正黄旗在城西北，驻德胜门内，依次而南为正红旗，驻西直门内，镶红旗驻阜城门内，镶蓝旗驻宣武门内。京旗各佐领在行政上归本旗都统管辖，但在军事系统上，又按照兵种，将前锋、护军、马甲、步甲独立编营。其中，骁骑（马甲）营、护军营、步军（步甲）营均按旗分设，前锋营按左右翼分设。护军营与前锋营平时警卫宫禁，皇帝外出时扈从行营，是八旗兵的精锐。以后陆续增设虎枪营（1684年，康熙二十三年）、火器营（1691年，康熙三十年）、健锐营（1749年，乾隆十四年）、善扑营、神机营为特殊兵种。
清代禁旅八旗的兵额是保密的。顺治年间约有8万3，乾隆年间为10万余人4，清末增至12万余人5。禁旅八旗以满洲八旗为主，遇有战事，派出作战，战毕撤归京师，为清朝基本的军事力量。
八旗驻防制度开始于顺治朝，发展于康、雍两朝，迄乾隆朝始告形成。顺治年间，各地驻防仅15000余人1，康熙、雍正年间渐增至90000余人2，清中叶达10万余人3。从此，驻防八旗兵额大体与京旗持平，这种状况一直延至清末。
康熙至乾隆年间，八旗在东北的驻防地由15处增至44处，在各省驻防地由9处增至20处，乾隆年间在新疆新设8处。其中，配备在京畿和东北的兵力，约占驻防八旗总数的一半，而东北的驻防八旗又占畿辅地区以外驻防八旗的半数以上。东北并未配备绿旗汉兵，说明清朝统治者非常重视自己的“发祥地”。相比之下，内地各省八旗驻防，一省不过1--3处。其中又以长江以北较多，湖南、江西、广西、贵州等处未设驻防。内地军事戍守的任务，主要由60余万绿旗汉兵担任，八旗驻防起监视作用。八旗兵丁屯驻在全国70余处重要城镇和水陆冲要，根据需要各设驻防将军、都统、副都统，或只设城守尉、防守尉为其统领，他们成为清朝控制全国的重要力量。
清世宗胤秅说过：“驻防之地，不过出差之所，京师乃其乡土”4。驻防各地的兵丁，最初是从京旗各佐领派拨的，并由这些来自不同旗、佐的兵丁，在驻防地组成新的佐领。但他们的户籍，仍隶属原旗原佐领。所以在清初一段时间里，驻防旗人仍把北京作为他们的故乡。随着驻防制度的固定化，驻防旗人的户籍虽然仍隶属原旗都统衙门，与本佐领的关系却逐步削弱，并在驻防当地形成新的旗人群体。
八旗驻防制度的实施，使满族的分布进一步呈现大分散小聚居的特点，分散在全国各地----南至广州、北抵瑷珲、西迄伊犁，最集中的地方则是北京城内外和畿辅。
清朝定都北京以后，为了加强中央政权的军事力量，确立起八旗常备兵制。
入关前满洲旗人“出则为兵，入则为农”，实行的原是兵农合一的体制。入关以后，清朝统治者对兵丁拣选、兵种、俸饷逐一规定，形成一套完备的军事制度。
规定兵丁拣选之法。八旗的基层单位佐领是按人丁编设的，清代佐领丁额屡有变化。努尔哈齐定每牛录（佐领）壮丁300人，皇太极时改为200人，入关初沿用此制。康熙时满洲佐领总数增加，但每佐领的标准丁额却缩减为100人，乾、嘉年间又改为150人。其实，这些都只是官方字西上的规定，具体到每个佐领，由于在人员构成、隶属关系上存在种种差异（佐领有公中佐领、勋旧佐领、世袭佐领等差别），壮丁数额相差是很悬殊的。作为一个壮丁（俗称“汉子”）的标准未成定制，有时以身高1.6米为合格，有时以一定年龄为标准（如15岁、16岁、18岁等），但八旗壮丁每3年编审1次的制度则被严格遵守，合格者编入丁册。
从佐领壮丁中产生组成八旗军队的甲兵（俗称“披甲”）。拣选甲兵俱验以骑射，合格者入选，至60岁而免。没有被选充“披甲”的则称“余丁”。在统治阶级特别需要时，余丁也要服兵役。
各佐领兵丁名额都有明文。据康熙《大清会典》卷八一载：京旗满洲、蒙古佐领，设前锋2名，亲军2名，护军17名，拨什库（领催）6名，马兵（马甲，又称骁骑）40名，步兵拨什库（步军领催）2名，步兵（步甲，又称步军）18名，铁匠2名，共89名；汉军佐领，设拨什库4名，马兵30名，步兵拨什库2名，步兵12名，共48名。以后，各佐领兵额与所设兵种又有所调整。
建立兵饷制度。康熙朝定制：前锋、护军、领催，月饷4两，马兵3两，年饷米46斛（23石）；步兵领催月饷2两，步兵1两5钱，年饷米22斛（11石），出兵时另有行粮。这种待遇到乾隆年间基本保持了稳定。相比之下，驻防兵丁待遇低于京旗，马兵月饷2两，米2斗5升（合岁支米与绿旗马兵的饷米相差无几。
兵额与兵饷大体确定以后，额兵成为吃粮当差的职业军人，未当兵的闲散余丁，则是无差无饷的旗下平民。当兵食粮成为满族人的主要职业，经济上形成对统治者严重的依赖。
（二）旗人人身束缚的加强
清统治者给予旗人高出民人的待遇，意在利用他们作为统治全国各族人民的工具。基于这一政治需要，在“优养”旗人的同时，又采取种种措施，加强了对他们的控制。
入关初，清统治者重新改订八旗组织与职官的汉译名称：“牛录”改称“佐领”，其长官“牛录额真”亦改称“佐领”；“甲喇”改称“参领”，其长官“甲喇额真”亦改称“参领”；同时将固山（旗）的长官“固山额真”改称“都统”，其副职“美凌额真”改称“副都统”。“牛录”的本义为“大箭”，“甲喇”的本义为“节”，“美凌”的本义为“围肩”，“额真”则是“主人”的意思。清统治者通过改换这些名称，进一步清除了八旗组织中的部落制度痕迹。与此同时，对于各级职官的职守均加以明确规定。都统“掌八旗之政令，稽其户口，经其教养，序其官爵，简其军赋，以赞上理旗务”，综理一旗的军、政、经事务，以下各级官员分别管理所属。举凡军政、户籍、铨选、司法、婚丧、稽察不轨，各有所司，八旗组织的管理体制因此更加正规和严格。
佐领是八旗的基层组织，每佐领一般辖数十户，每户约计数口以至数十口人丁。其长官职掌人口、田宅、婚丧、兵籍诸事宜，对本佐领人户拥有很大的权限，“凡位居公侯并俯就之，犹县令之辖乡绅也”1，至于普通旗人，更不在话下了。同一佐领人丁，均编入丁册，对于壮丁的三代以及出身成分，或正户（又称正身，即自由民）、或开户（奴仆获准出户并在旗下独自立户者）、或户下（奴仆），一一详晰注明，并严格禁止出身卑贱者混入正户旗人阶层，以利分化和控驭。
满洲八旗编设之初，各部部长、族长率领属部入旗以后，即出任各级官职，对旧属仍保留着相当权威。当时“牛录”、“甲喇”、“固山”的长官之所以各以“额真”（主人）相称，盖缘于此。这种传统权力往往因同旗人世世代代居住同一佐领而得以绵延存续。入关后，清统治者利用这种传统关系，并结合汉族社会的封建宗法制度，在佐领内建立起族长制度。族长最初由族众推举产生，选出后由佐领验放，入选族长的多为休致（退休）的官员或者德高望重的长老。族长的多寡，视佐领内宗族的数目而定，由于佐领是多族姓的聚居，故族长常在三四人左右。遇到涉及本族的公私事务，族长与佐领一同策划，并有权教导族人，可见族长虽非爵秩，其权威也颇令人敬畏。
1725年（雍正三年）重定：族长一缺，由都统、副都统从各族中拥有男爵、轻车都尉、骑都尉、云骑尉等世职的贵族，或举人、生员、领催等人中选取；每三年由都统对族长考察一次，对教导族人有成绩者，予以奖励。族长人选与考核的制度化，使这一职务从旧贵族控制族人的工具日愈变为封建统治阶级铃束满族人民的手段。
为了加强对各地驻防旗人的管理，又建立旗人保甲制度。清初沿袭明制，在地方州县以下建立保甲组织，10户为甲立1甲长，10甲为保立1保长，为封建政府负起直接管理和监视人民的职责。
1686年（康熙二十五年）清朝又在畿辅屯居旗人中试行保甲法，将各庄屯旗丁与当地民户共编保甲，令旗人屯拨什库（屯领催）与保、甲、乡长共同稽查不轨。
1729年（雍正七年），世宗谕令近畿旗庄依仿汉民保甲之制，设立屯目、乡长。屯目、乡长的设立，意味着旗籍保甲长的产生，是旗人保甲组织走向完善的重要一步。1关于屯目的职掌，《户部则例》有如下的明文规定：“屯居旗人，责成理事同知及该州县择老成者放为屯目，不拘旗分，令其管束，其乡村竘远畸零旗户，即交附近屯目管辖，仍册报八旗存案。凡旗人有来及往他处经营者，报明屯目给限，若无故逗留或潜往他处，报官严拿惩治。”从屯目的职掌不难看出，清统治者编设旗人保甲的目的就是对屯居旗人的行止进行更严密的监督与控制。乾隆年间，在东北、口外以及部分驻防八旗居住地，先后设立了旗人保甲组织。1813年（嘉庆十八年）北京发生了林清领导的天理教起义，直捣皇宫，有一些旗人曾参与这次起义，表明满族内部阶级矛盾的激化，促使清统治者扩大了编查旗人保甲的范围，除少数王公大员及披甲兵丁外，上起宗室觉罗，下至旗人家丁，八旗满洲、蒙古、汉军的各个阶层几乎都被编入当地的保甲组织。2
清统治者还建立起一套严格的管理制度，入关初规定：八旗人丁不得擅离本佐领居住，违者以逃旗论，人口财产入官，本人治罪。不久，繁文缛节愈增愈多，规定在京旗人不准擅自离城20公里，各省驻防旗人不准擅自离城10公里，违者交刑部治罪；旗人因事出境，须到本旗衙门告假领票，票内注明本人年貌，呈报所去地方旗衙知晓，回旗时，再由该地旗衙告知本旗；并出具印文交本人带回销假，如果中途他往，或久住外地不归，也要以逃旗论。旗人经商贸易，学习技艺、与民人交产、通婚或抱养民人之子，都在反复申禁之例。这些限制，成为旗人正常生活的桎梏。八旗人丁战时奉命出征，平时以时操练，春秋两季还要进行长时间的集中训练，只有以当兵作为唯一的职业。
驻防旗人分散在全国各地，除东北外，大部分驻防地处在汉族社会包围之中，清统治者采取了几项特别措施：
不许在外地世居置产。1684年（康熙二十三年）定，关内驻防旗人，如果有老病、解退、亡故，家眷俱令还京，子弟和家人内有披甲当兵的，也必须革退还京。同时规定，驻防旗人不准在当地置产。从此，驻防旗人亡故后，一律用棺收敛或火化后送京归旗，家中妻子兄弟一同回京。统治者担心旗人世居外地，形同土著，养成安土重迁的心态，以至与汉民融合，而丧失勇武骠悍的雄风，所以才有如此违悖常理的规定。这项给旗人造成诸多不便的陋规一直沿用到乾隆年间。
建筑满城。清朝入关后实行“满汉分居”制，除将在京旗人尽徙内城，汉民尽迁外城外，在各驻防地陆续修筑满城，由旗兵携眷聚居其中，与当地汉民隔离分治。满城与一般兵营、堡塞的区别在于：它是当地社会中一个相对独立的小社会，城内包括军事设施、官衙、居住区、学堂、庙宇，布局亦如京师，按八旗分左右翼依序排列。西安满城在西安城东北角，以后逐渐扩充，占全城的二分之一，内有大街7条，小巷94条。成都满城官街8条，兵街42条，每街居数十户，每户占地一二亩，称“甲地”，住房各3间，周回围墙。利用这种形式，将驻防旗人禁锢在一个狭小的天地中。
在清统治者的重重限制下，无论是在京旗人，还是关内的大部分地区的驻防旗人既不能从事农业生产，又不能经商逐利，不得不脱离生产和流通领域，转以俸饷和统治者的赏赐为主要经济来源。清统治者在“优养”旗人的同时，又剥夺他们自谋生计的权利，这对满族产生的消极影响是深远的。
（三）上三旗与下五旗
清太祖努尔哈齐晚年，曾沿用过去时代的遗制，将八固山（八旗）作为家族的私产，在亲近子侄中分配。领旗的旗主（和硕贝勒）享有在经济、政治上均等的特权。清太宗皇太极即位以后，为强化自己的统治地位，在八旗增设管旗大臣，由大臣牵制八旗诸王，又陆续削夺阿敏、莽古尔泰两大旗主，直接统辖正黄旗、镶黄旗、正蓝旗，但其余各旗仍分别由和硕亲王执掌。1644年（顺治元年），世祖福临冲龄即位，叔父多尔衮以旗主身份摄政，实际秉执国家的最高统治权。他与阿济格、多铎是同母所生的兄弟，原领有实力雄厚的两白旗，1648年，多尔衮加豪格（皇太极长子）以“徇隐部将冒功”的莫须有罪名，将其瘐死狱中，乘机将隶属皇太极一家的正蓝旗夺为已有。多尔衮兄弟实领两白一蓝三旗，威权自专，形成对皇权的巨大压力。1650年（顺治七年），多尔衮病死，世狙亲政，时年14岁，倚恃堂叔济尔哈朗，对多尔衮一系展开反击。1651年（顺治八年），迫令多尔衮亲兄阿济格自缢（此前，多铎已病死），追论多尔衮悖逆之罪，下诏迫削封爵，又兴起大狱，处死多尔衮一系亲近贵族重臣数十人。世祖通过这些努力，沉重打击宗室强藩，巩固了皇权。世祖在原先领有两黄旗的基础上，把原先隶属多尔衮的正白旗划归己有，成为新上三旗（原正蓝旗换出）。从此，正式形成上三旗与下五旗的体制。上三旗为“天子自将”，归皇帝自领，地位高贵，人多势众，构成八旗的核心；下五旗成为诸王、贝勒、贝子等宗室贵族的分封之地。上三旗与下五旗的分治，是八旗制度的一次重大变革，是以皇权为代表的**主义中央集权进一步加强的明显标志。
1662年（康熙元年），圣祖玄烨即位以后，陆续分封诸兄弟子侄为下五旗王公，与原有本旗王公共同管辖每一旗人丁，于是一旗有王公数人，不再存在一个旗主专擅一旗的局面。1679年（康熙十八年）确定王公府属官员名额，并规定王公府属佐领下人在各王公门上行走，至于各王公名义上领有的旗分佐领（下五旗佐领）则归各旗都统管理。都统“掌宣布教养、整诸戎兵，以治旗人”1。直接承受皇帝令旨，各旗王公从此无权干预旗务。
上三旗下五旗制度，造成了正身旗人社会地位事实上的差别。上三旗守卫皇城，挑取侍卫，皇帝外出时担任扈从，是皇帝最依重的亲军。下五旗除守卫京城外，被大批派往各地驻防戍卫。圣祖冲龄即位时，以索尼（正黄旗）、苏克萨哈（正白旗）、遏必隆、鳌拜（镶黄旗）为四辅政大臣，均出身上三旗，说明上三旗人在参预政治方面也享有优势。
为了破除上三旗下五旗人的轸域隔阂，鼓励下五旗人为皇帝建功立业，特别建立了“抬旗”制度。“抬”意即由下往上升。由“满洲下五旗，抬入上三旗者，谓之抬旗”2。其本支子孙准一同抬旗，同胞兄弟仍隶原旗。皇太后、太后母家在下五旗的均准予抬旗。以后，抬旗方式多样化，上三旗的汉军可以抬人同一旗分的满洲旗。圣祖生母孝康皇后一家，佟佳氏，原隶镶黄旗汉军，后抬入镶黄旗满洲，后族抬旗自此始。另外，包衣旗人可以拔出内务府抬入满洲旗。不同形式的“抬旗”，成为清代满、蒙、汉军旗人间、上三旗人与下五旗人中、正身旗人与非正身旗人间成分流通的一种特殊途径。
（四）内务府包衣三旗
上三旗下五旗分治后，各旗所有的包衣（满语“booi”，意即“家的”，指某人的私属）随之析为两个系统：上三旗包衣称“内务府属”或内府旗人，为皇家私属，编为内务府镶黄、正黄、正白三旗（内三旗）；下五旗包衣称“王公府属”，为各王公的私属，编为府属佐领、管领。
内三旗与八旗（外八旗）是两个独立的组织体系。有别于八旗佐领（又称旗分佐领）统属于各旗都统，内三旗初隶领侍卫内大臣，1674年（康熙十三年）改归内务府，从此终清之世不改。
内三旗的构成与八旗也有所不同，内参领下设有内府佐领、旗鼓佐领、内管领。内府佐领，即皇家所有的满洲佐领，成分为满洲平民；旗鼓佐领即皇帝所有的汉人佐领。宗室奕赓《寄楮备谈》中说得明白：“内务府三旗汉军佐领，俱名旗鼓佐领，旧作齐固佐领。”在康熙《大清会典》卷一五三中，又把“旗鼓佐领”，直接写为“（内务府）汉军佐领”。旗鼓佐领均由关外入旗的辽沈旧汉人编成。内管领（满语为“珲托和”，意即“半个佐领”），又称“辛者库牛录”，意思是“内管领下食口粮人”。编入内管领的最初是满、蒙、汉族奴仆，以后内部成分渐有分化。《寄楮备谈》说：“辛者库，乃半个佐领下食口粮人也，起初原系家奴，向例不许为官，内府俱贱视之。”在内三旗中地位最低下。
内府三旗初设满洲佐领9，旗鼓佐领12，高丽（朝鲜）佐领1，以及内管领年（康熙三十四年）增至满洲佐领15，旗鼓佐领18，朝鲜佐领2，管领30。1
内三旗包衣人，除担任内廷供奉亲近差使，专供驱使外，有按丁披甲的义务。其中，满洲、朝鲜佐领，披甲人各89名（或90名）；旗鼓佐领，披甲人各59名：管领，披甲人各8种为前锋、护军、骁骑，均分别编营。乾隆年间，内三旗护军营额兵1065人，前锋营额兵1114人，骁骑营额兵525布列皇城内，各按旗分，星罗棋布，拱卫皇宫，是直接役属皇室的亲兵。
内府旗人的身份地位较低，但由于他们是皇帝的奴仆和私属，一旦为其宠信也可能外任肥差、执掌重权，成为诗礼簪缨的世家望族。内府旗人允许入学、考试、为官，旗鼓佐领下人在内务府仕进与满洲同。在一定条件下可以抬旗或改旗。
1632后（顺治九年）议准：内务府三旗佐领、内管领下官员，有军功劳绩，奉特旨令其开出内府佐领、内管领者，各归上三旗旗下佐领。顺治年间卓灵阿因父罪编入包衣籍，以后世祖认为定罪过重，又将他开出包衣；王辅臣初为八王阿济格儿子的“虾”（侍卫），八王得罪死，王辅臣被没入“辛者库”为奴。世祖闻其勇冠三军，特旨拔出辛者库，授御前侍卫。在人数众多的内府旗人中，能膺此殊荣的，只是凤毛麟角。
内务府三旗的形成，是满族皇帝独掌三旗，并在八旗中确立起经济、军事、政治绝对优势的产物，同时，又保留着满族早期奴隶制的明显残余。内三旗与八旗并行不悖的存在，构成清代满族社会组织的一大特色。