登基大典结束后钟毓帝开始按照三桂的建议重新议定朝政的各色人选。其中大部分的文臣都沿用了崇祯帝在位时的任命也有个别的其中牛金星由于献出北京城并保住了紫禁城而有功被封为吏部尚书。徐过强由于及时反水并相救太子有大功被封为户部尚书并赐为长乐侯。这其实是变相的剥夺了徐过强继续带兵的权力没办法换作任何人恐怕都不敢让他继续手握十万军队更何况是一向擅玩儿阴谋的三桂！不过为了做出弥补三桂还是让徐过强坐上了户部尚书这个即有权又有钱的高位。也算是能够安徐过强的心了不过饶是如此徐过强今后多年在军中的人脉也将无人能比。
文官变动完毕而武将则由于李自成进城后杀掉了一大批因此三桂军中的各级军官便一跃成为了朝廷的各方将领。其中洪承畴由于身体有恙再加上年老体衰因此没有出任任何职务。而三桂的舅舅祖大寿则被任命为兵部尚书掌管军权。其余人等俱为各镇提督、总兵等军职。至于三桂因为收复了辽东失地先后灭掉了满清收服了蒙古占有了朝鲜并彻底击败了反贼李自成将之赶出北京城。而且还旗帜鲜明的率众拥立新皇。这些事迹每一件拿出来都是大功鉴于三桂有太大的功劳于大明因此经过多方商议讨论特加封三桂为辽国公并赐邑辽东为三桂的封地。其余人等各有封赏一时间皆大欢喜齐呼万岁万万岁。
下朝之后当三桂缓缓的走出太和殿之际立时身后拥来大批的文武百官纷纷上前抢着恭贺三桂。一边不住口的颂扬三桂的硕大功绩一边不停的套着近乎千方百计的设法拉近与三桂的关系。对此三桂只是停住脚步面对将自己团团围住的人群微微一笑。众人还待继续上前忽然冲进来十几名将领将这些人毫不客气的一一拨开。口中纷纷道：“诸位如有事情请教辽国公还请到国公府面谈。到时如辽国公肯接见诸位必然有面见的机会。”说完向两旁一闪让出条道路。三桂这才轻咳一声不急不缓的离开此地。而他的那些亲信手下则在后一一跟随。其余的文武百官见状不由的相互扫视心中同时暗自感触如今的吴三桂早已今非昔比摇身一变成为了手握重兵的辽国公。不是谁想上前与他攀谈便能攀谈的了的再想拿以前的眼光来看待他那简直是自取其辱。
三桂回到了自己的驸马府如今已是辽国公府。进了家门后才现自己的儿子吴间道与长平公主都已从山海关被手下接来。他走上前逗了逗吴间道随后吩咐下人将其领走便一手拉着长平公主走进了房内。
入房之后三桂便对长平公主嘘寒问暖关爱有加。又特意温柔的抚了抚她已高高隆起的小腹盼望着两个月后能再为自己添得一子。
自从长平公主得知三桂并未如她所想那般自立为帝而是隆重的昭告天下尊奉太子为新皇。这使得她的心平静好受了很多对待三桂的态度也有了明显的改善。令三桂大喜过望还以为长平公主已经开始接纳了自己。
三桂时刻关注着李自成与陈圆圆的消息而有关他们的情报也犹如雪片一般每日飞往自己的府中。虽然不断接到李自成屡战屡败的消息但是却始终没能从他手中夺回陈圆圆。从情报上得知李自成身边有四个武功身手非常高强的贴身护卫被人称为“胡、苗、范、田”。每一个都可称得上是绝顶高手而其中尤以那号称“飞天狐狸”的胡姓护卫更是了得无论身法还是武功俱是上上之选。正是因为有他们几个时时刻刻保护着李自成因此纵使李自成屡战屡败人马也越来越少但却依然屡屡的死里逃生。
三桂皱了皱眉看来不动用高手出马是不行了。随即他传下号令紧急将还在江湖联络帮派势力的洪安通、袁承志、归辛树夫妇召集进京。准备派他们联袂出手定要破掉胡、苗、范、田四大护卫的联手守护。
可是还未等他们几人来到京师一个惊人的噩耗便传了过来。由于李自成每日里都在辗转逃命而西北之地更是天气恶劣食物贫乏陈圆圆早已被折磨的形容枯槁此次再加上屡屡的奔波劳顿不禁染上了恶疾。而李自成只是简单的给她喂食了一些草药却并未将她留在某地安心休养而是继续带着她四处逃亡。终于随着陈圆圆恶疾越来越重周遭的形势却依然没有改善。在一次由陕北逃往南方的路上陈圆圆再也没能熬过去病死在途中。而李自成由于只顾着逃命当时只是让人将她草草掩埋便即了事。随后继续带人逃亡。
三桂听了如遭雷击自己千辛万苦一心要夺回心爱的女人到最后却始终没能如愿。到目前为止自己总共娶了三个年轻貌美的女子。第一个女人格雅公主早早的便已去世第二个女人陈圆圆也没能逃脱噩运如今只剩下长平公主一个人了。这三个女人中三桂最怜惜的是格雅公主最心爱的就是陈圆圆至于长平公主自己对她虽说不上爱的很深但也是自己最看重的女人。而今先后有两个女人离开了自己今后的道路该何去何从？三桂痛苦、茫然、自责心情复杂至极点。
而此时在江湖之上也早已刮起了一股打击李闯残余军队的飓风。无论是江湖的各大小帮派还是各地的官府以及富商大户纷纷组织人力物力到处追杀打击李自成分散在大江南北各地的势力。这一方面与三桂联结了江湖各方势力有关另一方面李自成由于兵败也逐渐丧失了仅有的一点民心。俗话说痛打落水狗那些早已痛恨李自成多年的富商大贾更是如此。因此人人都想就此分一杯羹在短短的几个月间李自成分布在各地的残余势力以及情报网便都一一被扫除干净。这使得李自成更加成为了孤家寡人再也没有心思去琢磨东山再起每日里想到的就是如何才能保住自己的性命。真有如丧家之犬一般。
不一日洪安通、袁承志、归辛树夫妇先后抵达了京师。此时陈圆圆既然已然身故三桂便也没有再命他们几人出马。而是将他们留在了北京城并常住在自己的国公府中。
经过连续几个月的逃亡生涯终于在钟毓二年（1645年）三月李自成所率的五百余亲兵卫队在逃往湖广的途中被熟知湖广地形的王大力率五千骑兵将之围住。经过一场大战后李自成最著名的胡苗范田四大护卫当场死掉了三个只剩下一个身负重伤的胡姓护卫拼死护着李自成逃离伏击。随后也伤重不治的死在路上而李自成此时身边只剩下十八名护卫仓惶的逃到了湖广地带。直到了五月李自成在湖北通山九宫山下被当地人现。随后由当地的富户地主组织了一批数百人的武装队伍将李自成伏击而李自成身边仅有十八名护卫又没有什么出色的高手因此根本抵挡不住由山上射来的乱箭以及滚下的礌石。随后十八名护卫一一惨死只剩下李自成重伤被擒。本来那些富商想把李自成送往京师借以升官财但李自成暴虐的性格以及拼命挣扎的身子让他不敢再犹豫随后将李自成当场砍杀尸派人送往京师。就这样李自成这个闯荡天下多年亲手葬送了崇祯帝国声名赫赫的闯王最终却惨死在一帮无名小卒之手终年仅四十岁。
收到这个消息三桂没有做出什么特别的反应这种结局早在他的意料之中。没想到李自成到头来还是这样一个死法他叹了口气随后布军令将追杀李自成的几路骑兵大军召回京师候命。
接下来三桂把全部的精力都用在了整顿军备上为统一天下做足了准备。而此时李自成遗留在北京城中的大量财宝及粮草物资等倒起到了很大的作用。
又过了几个月到了钟毓三年（1646年）三月北方冰雪季节已过正是春暖花开之时。而三桂经过几个月的时间也已经整兵砺马完毕。于是他上奏钟毓帝请求出兵西南川中清剿盘踞在那儿的张献忠所部。顺便将各地活跃的小股义军俱都剿灭以还天下太平。
钟毓帝准奏并封辽国公吴三桂为天下兵马大元帅全权负责清剿残留在各地的义军匪患。三桂领旨随后将朝政暂时托付给重新入朝任职的辅大臣洪承畴、兵部尚书祖大寿、吏部尚书牛金星和户部尚书徐过强等人。自己则亲率骑兵十万步兵十五万共计二十五万大军浩浩荡荡的出征南下。
而此时张献忠已经在川中的成都称帝建国号“大西”改元“大顺”并以成都为西京。拥兵数十万实力强盛一时。当三桂亲率大军进入四川后张献忠依然没有将其放在眼内。并对手下众将夸口要亲手替闯王复仇。随后他亲率大军直出成都主动向三桂的军队出击。双方激战于彭山的江口三桂先是利用各种犀利的爆炸性武器打了张献忠一个措手不及随后又使用新开研制出不久的地下石油围堵住张献忠的军队最后趁其不备点燃起一把大火。令张献忠数十万大军惨败于火攻之下使其伤亡惨重大败后退回成都。
三桂紧接着率军围攻成都不给张献忠一丝喘息的机会。只用了短短两日三桂大军便利用炸药炸塌了城墙及城门一举攻入成都城。张献忠再次大败只率数千残部仓惶逃出成都。而三桂则紧追不舍终于在追到川西北充县与盐亭县交界处的凤凰山坡时将张献忠残部拦截。而张献忠死到临头兀自不肯归降依然想做困兽之斗。三桂一声令下数十万大军手榴弹、火箭、弓弩齐只过了不过一刻钟这数千残兵便全数被炸身亡。而张献忠自然也没能逃得脱劫难。
就此彻底平定了四川三桂在大胜之后率军返回途中又不断的派出各路军队清剿各地的小股义军、山贼及匪患共计剿杀、收服了七八万人这才安然返回京师。从此天下基本已经安定下来。
进了北京城三桂受到了全城百姓的热情欢迎。而满朝文武更是被下旨亲自步行到北京城门口处迎接三桂大军凯旋。
接下来由钟毓帝亲自在皇宫内举行了盛大隆重的晚宴所有的王公贵族、皇亲国戚、达官贵人以及各路的战将均有份参与出席。气氛空前的热烈。
随后钟毓帝开始论功行赏。三桂全军各级将士都有封赏尤其是三桂本人由于功劳太大只靠他一人之力便扫清了内忧外患并平定了天下。挽回了大明王朝岌岌可危的险境并使得它重新焕了新朝的气息。因此经过再三的商讨议论钟毓帝终于决定。特颁下圣旨并昭告天下加封辽国公吴三桂为蓟王封地包括由蓟州开始经山海关以东包括辽东的广大区域。并且世世罔替代代永袭。
这道圣旨一下立时在整个天下造成了轰动。要知自大明开国几百年来还从未有哪一个异姓之人被获封为王位。至多也就是封到公、侯、伯为止而三桂则打破了这一惯例成为了大明王朝开国两百余年来第一个异姓王。