虽然开局并不顺利，但是不管怎么说随着科斯岛的入手，英国人再度变得信心十足起来，他们并没有急于向这个关键性的岛屿运送后续兵力，而是先在岛上部署了两个中队“喷火战斗机”并海运来的24门高射炮用于保护岛上那唯一的一个机场。
与此同时一场讨价还价则在英、美两国之间迅展开。9月22日，认清了对手实力的威尔逊策划对罗德岛实施新的进攻，这一次他提出的最低要求是除了原本计划投入战斗的第第5印度步兵师至少一个旅的兵力。也就是为了夺取罗德岛，英国人至少需要一次性运送2个步兵师及部分装甲部队的海上运力。好在除了3艘坦克登陆舰和1艘医疗船之外，梅特兰.威尔逊只要求皇家海军提供驱逐舰用作护航和炮火支援。
但是即便就是这些物资，对于正全力进行着“霸王”行动准备的英、美盟军而言也是颇为难得的。为此丘吉尔亲自出面向艾森豪威尔求助，他强调只要再增加能运输1个师兵力的登陆艇，并且有主要的空军力量给予几天的协助，罗得岛肯定会属于盟军。但是艾森豪威尔却只能表示爱莫能助。
毕竟在目前所急需的物资中，最重要的就是登陆艇，为了保证足够数量的登陆艇，盟军不仅将登陆时间推迟了一个月，还将原计划同时起的在法国南部的登陆推迟到8月。美军陆军总参谋长马歇尔不顾海军的强烈反对，从太平洋战场调来一批登陆艇，这才凑够足够的登陆艇。因此即便美国人对于英国这个盟友在地中海肆无忌惮到处点火的方式表现出空前的不理解。
最终1o月7日，丘吉尔不得不致电罗斯福说明情况，但后者完全同意艾森豪威尔的意见，但是罗斯福还是出于维护英、美同盟的角度出，许诺将全力支持在罗马西南展开的安齐奥登陆战，从美国把与“霸王”计划有关的5oo多艘登陆艇中抽调出5o艘用于地中海方向，如此一来英国人在安齐奥方向展开登陆作战的本钱就雄厚的多。要知道在这个方向上英国人原本仅有的87艘登陆艇，甚至达不到运送2个师的最低要求--88艘登陆艇。而计划在1944年1月展开的安齐奥登陆战与夺取罗德岛之间的时间差也令丘吉尔感到有空子可钻。
但是就在丘吉尔自以为看到了希望之时，德国人果断起的反攻却令他的心情如伦敦的天气一样迅糟糕起来。先是德国第1o航空军主力从意大利转场到希腊，开始集中力量攻击爱琴海上的英国舰艇。令英国人向已经控制的各个岛屿运送兵力和物资的行动日益困难。从9月18日开始，德军的空中打击变得频繁起来，9月26日，德军俯冲轰炸机攻击了停泊在莱罗斯锚地内的英国舰艇，击沉英国皇家海军的驱逐舰“勇敢”号和希腊驱逐舰“韦西利.萨沃尔加”号，1o月1日又击沉投奔盟军的意大利驱逐舰“欧洲”号。
而此时英国皇家海军在整个地中海战区都颇为不顺，9月16日在掩护萨勒莫方向的登陆战役中，英国伊丽莎白女王级战列舰“厌战”号被德国空军he－177a5
“秃鹰”重型轰炸机所投放的“弗里茨--x”无线电指导滑翔炸弹直接命中，遭遇重创。这样一来英国皇家海军曾经在日德兰和马塔潘角海战大放异彩的伊莉莎白女王级战列舰除了部署在远东的“马来亚”号之外便几乎全部退出了地中海战区--巴勒姆早在1941年11月便被德国海军潜艇u--331号射的鱼雷击沉，而“伊丽莎白女王”号和“勇士”号则在亚历山大港内为意大利的蛙人偷袭得手。
“厌战”号蹒跚着驶往马耳他的身影，令英国皇家海军不得不重新评估地中海的局势。虽然自开战以来，坐拥强大的主力舰队的意大利海军并没有给英国人带来太大的麻烦。但是德国人的空中打击却令皇家海军失血颇多。仅在第一次克里特岛攻防战中，英国皇家海军便付出了4艘巡洋舰、6艘驱逐舰、3艘反潜驱逐舰被击沉，1艘航空母舰、3艘战列舰、3艘巡洋舰、8艘驱逐舰被击伤的惨重代价。为了避免在英国皇家空军掌握爱琴海制海权之前，海军再遭遇不必要的损失。英国皇家海军的大部分驱逐舰暂时撤离了爱琴海，坐等登陆舰艇和陆军完成集结，向罗德岛起第二次进攻。
但是德国人并不打算给对手以准备的时间。显然最高统帅部和和前线的指挥官们都很清楚爱琴海上诸岛的争夺取决于制空权的归属。一旦英国人在空战中占据上风。那么将极大的威胁德国人从希腊南部通往罗德岛和克里特岛的海上航线。而此时英国皇家空军已经开始对罗得岛上各处目标进行轰炸，同时克里特岛也被列入了攻击目标。德国人开始清醒的意识到要避免这些岛屿成为盟军进攻巴尔干地区的前进基地。只是固守几个关键性的岛屿是远远不够的，他们必须反攻，将意大利人出卖的群岛从英国人手中夺回来。
第一个作战目标自然锁定在英国人刚刚接手的科斯岛，这个4o公里长、8公里宽的海岛之上，英国人至今仍只有1个营的兵力，而且布防松散，在至关重要的机场方面，英国人只部署了1个连。为此德国人制定了颇为大胆的北极熊计划--从海陆两线同时起进攻，一举瓦解英国人的抵抗。
这无疑是一个疯狂的决定，毕竟德国海军在爱琴海吨位最大的战舰也不过是几艘猎潜艇而已。在海上几乎无优势可言，而德国空军也没有完全获得制空权的情况下，德国人之所以敢于主动进攻，除了迫于形势之外，很大程度上也来源于他们对其地面部队战斗力的自信。而此时驻守克里特岛的第第1勃兰登堡团在内的几支小规模精锐部队的支援。
被称为现代特种部队鼻祖的勃兰登堡团最早隶属于德国谍报局，是一支被赋予特殊使命的武装分队。但是随着闪电战在整个西欧和苏联打响，到1942年秋天，勃兰登堡团已经扩大到师级规模。但是盛极而衰，随着东线的战事进入拉锯阶段，善于从事敌后渗透的勃兰登堡团开始逐渐不能适应越来越残酷的阵地防御战，为此柏林方面只能将这支部队暂时撤往西线休整。而此刻这支部队正好成为了弗雷德里希.威廉.缪勒中将手中的利剑。
缪勒中将的计划并不复杂，从克里特岛的守军之中抽调出第22机降步兵师的2个步兵营及其他附属部队总计约8个营的部队从海上向科斯岛起进攻，同时由勃兰登堡团直属第15空降连乘滑翔机直接在岛上机场方向突击着陆，一举捣毁英国空军在岛上的防御力量。
德国人的反击完全打乱了英国人原有的部署，此时在爱琴海方面英国皇家海军有驱逐舰“平德斯”号以及隶属于希腊流亡政府的驱逐舰“地米斯托克利”号，如此微薄的兵力自然无法挫败得到航空兵支持的德军护航运输队，而勃兰登堡团的伞兵在科斯岛中央机场的成功着陆，更令英国人在岛上的防御迅崩溃。
在经过英国人所谓“短暂而激烈的战斗”之后，科斯岛上约1个营左右的英国人几乎全部被俘，当然同时被俘的还有来不及被遣散的3千多名意大利战俘，或许英国人迟迟没有向科斯岛增兵的理由之一便是岛上还有数千名已经“倒戈一击”的意大利士兵可以协同作战。但是他们似乎忘记了这些意大利人在他们到来之时是如何“箪食壶浆、以迎王师”的，指望意大利人能奋勇作战还不如期待爱琴海突然出现台风来得可能性更大一些。
科斯岛的失守令丘吉尔颇为震动，他敏锐的感觉到爱琴海的局势正在朝着与自己初衷向背的方向展。在攻占科斯岛的同时，德国人也在不停加强对萨摩斯岛和勒罗斯岛的空中打击。这两个岛屿都是爱琴海上重要的航运中枢，可以是英国皇家海军在该地区的海上柱石。除了海军舰艇之外，英国海军航空兵的一个水上飞机中队也频频地从岛上出击，严重威胁着当地德国人的海上通道。
虽然英国皇家海军在科斯岛失守之后一度奋起反击，击沉了德国人的几艘运输舰和布雷艇。但是在盟军空中力量不断被抽调向意大利战场的情况之下，战神的天平逐渐开始向德国人有利的一面倾斜。为了稳定战场态势英国人开始向勒罗斯岛增派地面部队，除了包括第234旅之外，英国人还向岛上运来了由犹太志愿者组成的巴勒斯坦旅，显然比其散漫的印度人来，伦敦更信赖那些与纳粹不共戴天的犹太人。
但是增加再多的地面部队也无助于战局，在美国人只能提供2个远程战斗机中队的情况下，进入11月德军已经完全掌握了制空权，英国船只惟有在夜间活动才不致遭到损失。而随着德军的海空封锁越加严密，英国人甚至不得不利用潜艇想方设法向勒罗斯岛运输人员和补给品。此时土耳其是否参战便成为了英国人能否守住爱琴海上这些岛屿的关键因素。毕竟萨摩斯岛和勒罗斯岛距离土耳其的海岸线都只有一衣带水之隔。