永禄十一年十二月二十八日晨，逃到阿波国的三好三人众（三好政康，三好长逸及脱逃的石城友通），趁着年末众人不备，秘密从和泉国上陆，首先攻击了从属于织田家的家原城，只有数百兵将的守兵寡不敌众，当日即告失守。守将寺町左近将监，雀部治兵卫，泽田备后守等地侍尽皆讨死。消息传到堺后，对织田信长不满的足利义荣一系；反对织田信长统治的部分会和众；以及正在堺的斋藤龙兴，长井隼人等失去领地的浪人纷纷加入。一月二日，三好势从堺出发，进入倒戈的南山城。趁着熟悉山城国地理，加上洛阳城兵力薄弱的机会，穿透各地防守，于一月三日逼近洛中。
“既然三好三人众十二月二十八日就登陆和泉国，你们怎么直到三日，三好家逼近洛阳城了才想起来报告，我留你们在京都何用？”青山长虎恨恨的问。
“虽然正月元日即有传闻，三好家登陆和泉，但是正值新年，大家都以为有人开恶意玩笑，谁都没想到三好家会在这样的天气出海登陆和泉，加上新年期间人手缺乏。所以，直到三日才确认这个消息无误。没想到三好家动作这么快，也不顾山城国各座城都不在手中，就直袭洛阳。臣罪该万死。”溝口秀胜连连告罪。
青山长虎只是心中烦闷，倒也没有真要降罪的意思。三好家此次孤注一掷，冒着全军覆灭的危险，在新年的时候强行登陆，确实让人很难想到，只能说织田家这次确实是被打了个措手不及。
就连溝口秀胜也在心里暗暗庆幸不已，当时自己得到这个消息时，根本不顾一屑。如果不是神子田正治坚持要亲自去堺查看，结果在半途救下刚从堺逃出来的松井有闲，恐怕三日的时候，还不知道有一支兵马正在接近洛阳。
到了下午，福富秀胜带着毛受胜照从岐阜赶来。果然木下小一郎还没有赶到岐阜，对于平安京出现的剧变，一点都不知道。溝口秀胜经过两日夜的疾行，身体已经极为虚弱，很难再经受一次奔波。好在福富秀胜也没有强人所难，在関城详细的问明了经过后，就赶了回去。并交代青山长虎立刻集结兵马，明日就要抵达岐阜。
六日，当青山长虎率领集合起来的五百兵马到达岐阜时，得知木下小一郎也在两个时辰之前赶到岐阜，几乎与此差不多的时间，其他渠道也陆陆续续传来京都被三好家攻打的消息。如果新任将军被杀或是被掠走，那么织田家可就真成了天下的笑柄。
算上青山长虎的五百人马，合起来还不到三千人的织田军，顾不上天寒地冻，顶着还在飘落的雪花以及足有数寸厚的积雪，再次踏上上洛之路。
与此同时三好家领兵大将三好康长领着剩下的约两千骑兵马，望着阻挡在前方的东寺驻军暗暗发愁。
这次三好家发难，是由家中一直坚持抵抗的筱原长房策划，三好三人众负责实施。率领阿波仅存的三好家精锐五千二百骑，冒险反击。
计划一直到两天前都非常顺利，四日三好家分成两队，一队由三好三人众率领，负责阻击援军，基本上都是由不满织田家的近畿地方势力组成；另一队则是三好家精锐，进入洛中，把新任将军足利义昭及其部属包围，足利义昭被逼入本圀寺。听降服者所言，跟随者不过细川藤贤，三渊藤英，佐久间信盛，织田左近，野村越中，赤座七郎右卫门，津田左马丞，坂井与右卫门，明智光秀，森弥八郎，山县源内，宇野弥七等十数名侍大将跟随，兵马不会超过八百人。
按照计划从五日开始，三好康长率领的两千五百骑以药师寺九郎左卫门为先头，攻击本圀寺南大门；另外两千五百骑则由三好日向守，三好下野守率领，沿着大宫向北口两方门发起攻击。如果没有意外，一天时间足以攻下。
偏偏意外发生了，自从天文法华之乱后，京都的寺院为了防止兵乱，都挖了壕沟设置了院墙，这倒也没有什么奇怪的。但是足利义昭进的这个本圀寺的壕沟和院墙竟然刚刚休整好不到半年，各项机能极为完善。
上午巳时开始的弓矢合战，从开始就处于极为不利的形势，各方面都不占优势。好不容易烧毁了南大门前的建筑，但愣是没有攻进去。其中属于幕下若狭众的山县，宇野军竟然反冲入先头的药师寺军中，讨取数十人。但对方毕竟兵力不足，战斗进行到午后，若狭众渐渐露出败相，这是整场战役中最好的机会。就在自己准备派兵加把劲时，不知从哪里冒出一小队人马从背后杀入药师寺军，引起先头部队的混乱，大好形势全毁。也使得若狭众及那一小队人马得以从容退回寺内休整，让自己恨得牙痒痒。
小队人马的旗指物一是‘叶菊’，一是‘三星一文字’；‘三星一文字’想都不用想就是桂川渡边氏，这回又是他们坏了三好家的好事。老主公一时心软，后患无穷啊。但不知叶菊是哪家家纹，应该不是近畿的，想来是乡下来的土包子中的一员吧，时机倒是掌握的刚刚好。要是三好康长知道指挥这队人马的不过是个刚刚十七岁出头的少年，恐怕更要闭不上嘴了。
可惜机不可失失不再来，失掉这个机会后，三好康长虽然组织队伍，准备再尝试一次。不想激战时，胜龙寺城城主细川藤孝，斯波家家老长谷川桥介，下京奉行丹羽长秀，木下藤吉郎领兵千人前来救援。见到援军到来，本圀寺的南大门和北口两方门同时打开，进攻中的三好军势陷入夹击。
本圀寺内的铁炮队，更是在幕府铁炮奉行明智光秀率领下，对进攻中的三好军进行了毁灭性的打击。此战结束后，近千八百骑被讨取。其中药师寺九郎左卫门贞春，松山新入松谦，三好新左卫门，三好备中守等家中好手都折在此阵。
本圀寺久攻不下，得到将军遇袭的近畿守护们却已经在五日集合好了兵马，准备进京救援。其中摄津众（池田胜正，池田正秀，伊丹亲兴，荒木村重，和田惟政，山口飞驒守）被三好三人众把守的高槻城阻挡在西国街道上，不得不转向山名街道，绕道奔赴京都。筱原长房在计划中为入京的三好军挤出来的一天，就在五日一整天无效战斗中被浪费掉了。
到了六日，攻守之势翻转。绕道到达洛外的摄津众被以逸待劳的三好政康阻击军挡在桂川，双方展开激战。由于摄津众经过一整日的强行军，体力消耗巨大，全军陷入疲惫困顿中。中盘逐渐落入下风，尤其是池田军渐渐支撑不住，阵型开始散乱。偏偏就在此时，从向日方向过来的河内三好义继军带领三千兵马赶到，三好军再次陷入夹击。高安权头，入江春继等侍大将一个个被讨取。眼见战局不利，三好三人众不得不撤出洛外，向和泉逃离。这样只剩下三好康长等不到两千人被困在洛阳城进退不得。
驻扎在东寺的细川藤孝近千人马牢牢的把三好康长挡住，使之无法退出洛阳。但是再不想办法逃出去，等到摄津众整理好军势，那么瓮中捉鳖就是三好康长一行人的下场。三好康长知道时间不能再拖了，三好政康战败的消息已经传过来，再不拼命恐怕就要有手下拿着自己的首级去献功讨赏了。
三好康长挥了一下手中采配，三好日向守领着剩下集中起来的精锐八百骑，不顾生死直直冲进细川藤孝军中，希望凭着一股奋勇之气打开一条逃生之路。细川藤孝不过千人之众，哪里经得起这样的冲击，很快三好日向守就为三好康长用人命铺出一条生路，三好康长领着身边数人，也不客套，拍马即逃。三好日向守则留下断后。
一直眺望着东寺形式的本圀寺，发现三好军势不顾命的要逃出洛阳，知道形式肯定发生了变化，在佐久间信盛和明智光秀的率领下近五百骑前来支援细川藤孝。走在最前方的正是背着叶菊家纹和三星一文字家纹的那队人马。
一个是一心想要逃出生天，不敢恋战；一个是奋勇争先，想要通过首级成就己方武名，胜负已明。拥有马匹和上好武具的三好家武士，成为首先被攻击的目标，往往一个人被对方的三至四人同时攻击，毫无招架还手之力。随着三好日向守被背着叶菊旗指物的神子田正治讨取，断后的三好军立即崩溃，留下的近八百人全军覆没。三好康长在与三好三人众汇合时，身边只剩下二十五骑。
八日，近江永原城。“主公，再这么走下去，即使到了洛阳，这仗也没法打。冬衣准备不足，许多将士已被冻伤，数人已经不行了。”得到精通医术的松野平介的报告，青山长虎知道必须要做点什么。不然等到了京都，一片残兵败将的样子，恐怕更丢脸。反正三好军三日就已经逼近洛阳，到现在已经整整过去了五天，胜败早已分出，现在到了那里也不过是收拾残局罢了。
不知‘本圀寺之变’早已解除的织田信长，烦躁的用手中扇子敲打着身下的榻榻米。这个道理他何尝不知，但是能早到一刻就早到一刻，不然心中不安呀。“就听你话，在永原休整一日。仙千代，你去通知福富秀胜，让他们去城下町高价收购冬衣。源七郎，你在这里陪我喝酒。”
“嗨嗨。”青山长虎和万见仙千代二人同时领命。
由于大雪的关系，直到十日，信长军才赶到平安京。
这时，除了被烧毁的木造建筑和倒在路边的无头死尸，能够说明这里刚刚经历一场战乱外，已经看不出三好家来过的痕迹了。
虽然将军无事，可以说是不幸中的万幸。但织田信长并未就此欣喜异常，而是深深反省起自己的过失。正是由于自己的疏忽，把将军放到了随时可以丢掉性命的危险境地。
在奖赏了此次有功之臣明智光秀，池田正秀等人后，织田信长颁发了两条命令。
其一，现在将军借助的细川屋敷，防守过于单薄，使得事变发生后，将军不得不退守本圀寺。鉴于这种状况，决定立刻在原乌丸中御门第，修建坚固的将军御所。
其二，畿内守护将军的军势过于薄弱，这是此次事变的直接原因。从和泉的家原到京都，三好军竟然长驱直入，不论是河内守护三好义继，还是胜龙寺城主细川藤孝，还是摄津守护竟然在数日内毫无办法。柴田，森，坂井，蜂屋四人被再次任命驻军山城国。
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