在宋政和五年四月，童贯亲率刘光世、王渊、姚平仲等西北悍将，四十万大军一起攻打润州。润州城扼守长江，凭借长江天险，虽童贯大军占领江宁府，顺江而下，急切间也不能攻下润州。而在此督战的方腊兵部尚书王寅率领二十万方腊军负隅顽抗，在东厅枢密使吕师囊及其手下江南十二神的协助下，硬生生地将童贯大军在润州拖了六个月，童贯损兵折将皆不得胜。
后来方腊见润州战事吃紧，便派弟弟三大王方貌及其部下邢政、卫忠，还有方貌麾下八骠骑带十万人马前去援助润州。不料这个情报被通宋的司天监浦文英得知，派人快前去告之了童贯，童贯便派刘光世领五万人马虚打旗帜继续围攻润州，王渊、姚平仲、折可存率三十五万大军伏击方貌，结果方貌手下邢政、卫忠和八骠骑尽皆战死，十万大军战死七万，被俘虏三万。童贯便胁持方貌，让官军扮作方腊义军打扮，去诈开城门。王寅本来心中存疑，但奈何方貌是方腊的弟弟，是三大王，狐疑之下也只得开了城门。王渊的部将韩世忠一马当先冲入润州城门，接连将吕师囊手下江南十二神中的“擎天神”福州沈刚、“游弈神”州潘文得刺死，而姚平仲也将“遁甲神”睦州应明、“六丁神”明州徐统杀死。童贯的西北精兵乃是跟西夏军鏖战多年的百战之师，方腊义军全都是刚脱产没多久的农民，那里能抵得住，两军相接不久，方腊义军兵败如山倒。王寅见大势不妙，便带领吕师囊及其手下残余部将败退常州。
与此同时，方腊从圣公自升为圣王，改元永胜，建都于杭州，一改平素艰苦朴素为国为民之风，变得骄奢淫逸起来，他手下一干小人也谄媚逢迎起来，将到处劫掠官吏富户或平民家庭得来的美女进献给方腊玩乐。
当方腊知晓王寅和吕师囊将润州丢了，便不问青红皂白要将二人处斩，多亏其他大将纷纷求情，才将二人打入杭州大牢。那时的卢俊义听说方腊骄奢淫逸且囚禁了岳父，也就断了对方腊的情报援助，只是偶尔还通过海路卖些兵器给方腊军。
童贯大军占领润州后，围攻常州。常州守将钱振鹏的副将金节乃晋陵县上濠人氏，见方腊残暴不仁虐杀宋官，素有不平之意，有归降大宋之心，其妻秦玉兰深明大义，劝金节归顺宋朝，并为金节设计与宋军里应外合献常州。金节在常州城下与王渊争斗时，故意阵乱，先败逃，后与宋军联系，欲献城。再次城下与宋军争斗时，与姚平仲厮杀时，金节诈败，退入城时，引韩世忠占住西门。童贯便驱动大军乘势夺取了常州。宋军副都督刘光世留用金节，升做行军都统。
钱振鹏被姚平仲杀死，钱振鹏的心腹副将许定被韩世忠刺死。吕师囊的几个部将“吊客神”常州范畴、“黄神”润州卓万里、“豹尾神”江州和潼、“丧门神”苏州沈林也都战死在乱军之中。
常州之战中，韩世忠屡立战功，却被童贯疑忌之，不予封赏，韩世忠心有不平。
当初三大王方貌领着手下部将前去支援润州，苏州的防务便被方腊的太子方天定执掌。方天定带领手下四大元帅邓元觉、石宝、厉天、司行方和其余十几位部将，带着三十万大军守住苏州。宋军围困苏州三个多月，急切之间不能攻下。
后来又是韩世忠笼络太湖渔民，知道杭州方腊手下库官押送新造完铁甲三千副解赴苏州方天定处交割，便设计杀死押运之人，然后乔装打扮，诈开苏州水门，然后迎来王渊的大军，而童贯随后也领着刘光世、姚平仲、折可存等大将率领大军攻进了苏州。方腊的国师宝光如来邓元觉跟姚平仲大战时，被韩世忠一只冷箭射下马去，然后被姚平仲一刀砍死。
方天定的得力部将也折损大半，方天定在石宝、厉天、司行方三位元帅和残余将士保护下，逃出苏州，败往秀州。
秀州守将是方腊弟弟方七佛，此人智勇双全，如果坚守不出，亦可将秀州守住，奈何形势比人强，方天定是方腊太子，方七佛必须出兵前去救援。方七佛在救援方天定残部时，被折可存军击败，方七佛本人也死在乱军之中，而方七佛的部将段恺留守秀州城，在宋军围困秀州城时，他闻知方七佛已死，便献城归顺了赵宋，
州被童贯占领。杭州岌岌可危。
而方天定在石宝等人地死命护从下。挣脱重围。败往杭州。随后方腊大军将杭州团团围住。进行了数月地攻击。方腊虐杀宋朝官吏。导致没有几个士子肯投奔与他。使得他手下没有治政人才。前期他为了笼络人心。宣布免除粮税。后来为了筹集粮饷又大肆征集田赋税收。普通百姓都是朝三暮四之人。谁还记得方腊之前免除粮税之情。都忌恨于他后来加重税收之患。而方腊丧失人心筹措地粮饷也不敷使用。被童贯大军围城三个月。便告粮尽援绝。被迫退出杭州。
之后方腊屡战屡败。被迫退回老巢清溪县帮源洞。在败退过程中。方腊太子方天定战死。其余诸将也都有折损。而王寅、吕师囊被不明真相地宋军救出大牢。吕师囊逃往仙居。纠合旧部。继续反宋。而王寅见方腊大势不可逆转。便寻思投奔女婿卢俊义。他知道卢俊义对方腊军中数位将领仰慕已久。便前去找寻那些将领。准备带着他们从海路投奔卢俊义。
后来朝廷又派刘延庆、王禀、杨惟忠、辛兴宗等宿将前来增援童贯。一起围歼方腊余部于帮源。方腊军散布在其他地方来不及回援地部将都如丧考妣。自此摩尼教失去灵魂。兵败如山倒。方腊被俘后。义军各部继续转战江南各地。童贯派郭仲荀、刘光世、姚平仲等领兵分路镇压。宣和二年五月。台州仙居县义军由俞道安带领。从温州永嘉县楠溪攻占乐清县。义乌县义军据天仙峒。寿昌县义军据月溪峒。与宋军激战。天仙峒、月溪峒相继陷落。兰溪县灵山峒义军胡姓、祝姓二将与宋军刘光世部奋战。胡、祝等一千六百多人战死。五月。宋军姚平仲部攻陷台州仙居境义军据点招贤等四十多峒。方五相公部义军接连失利。
宣和二年五月。仙居义军吕师囊转移至黄岩。宋军折可存部自三界镇追击。吕师囊率部给折可存、刘光世等部宋军以迎头痛击。并攻克乐清县城。还会同青田起义农民攻打温州。重创宋军姚平仲、杨震等部。江淮荆浙宣抚使童贯调十五万西北劲兵镇压浙东义军。吕师囊部受压力越来越大。形势恶化。七月。义军被围困在黄眼石口。血战竟日。突围时军师吕助被俘牺牲。七月十六日。吕师囊联合永嘉义军俞道安部。再攻温州。围城一月。终因宋援军赶到而再次失利。俞道安在永宁山阵亡。义军在黄岩断头山遭宋军折可存部围困。宋军以轻兵从山后偷袭。义军战败。吕师囊得力部下“霹雳神”越州张近仁、“巨灵神”杭州沈泽、“太白神”湖州赵毅、“太岁神”宣州高可立尽皆战死。吕师囊伤重跳崖被俘。解至临海。先被箭射。后遭裂尸。
与此同时。王寅联系到石宝、厉天、司行方等人。劝服他们一起投奔卢俊义。借助卢俊义地力量为摩尼教报仇。石宝等人听从。便带着原方天定尚存地几位偏将厉天佑、吴值、黄爱、晁中、薛斗南、徐白、张韬、贝应夔。跟着王寅准备从明州越海去山东。王寅一行乔装打扮。逃往明州途中。遇到从睦州逃出地原参政沈寿、桓逸和方腊亲军指挥使白钦、夏侯成、殿前太尉郑彪、灵应天师包道乙等人。王寅便又说服这几人跟随自己一道前去山东。因王寅原是摩尼教护教法王。地位尊崇。众人在绝望中摸到一根救命稻草。都纷纷听从。
在王寅一行即将到达明州时，又遇到小养由基庞万春和他妹妹庞秋霞以及他两个副将雷炯、计稷护着方腊义妹百花公主也潜逃至此。百花公主听闻王寅一行准备前去投奔卢俊义，起初并不同意，但经不住王寅的耐性劝服。方百花知晓自从方腊被擒，摩尼教再无一呼百应之人，便如一盘散沙，在官军重压下，留在浙江想要复仇比登天还难，便同意去投奔山东卢俊义。但他们遇到了一个大问题，那就是没船，无法渡海前去卢俊义治下的舟山群岛。
就在这时，他们又见到几个熟人，前金吾上将军方杰、原兵部侍郎高玉、骠骑上将军杜微三人，方杰上前招呼众人上船，原来方杰三人也逃到海边，被号称浙江四龙的原方腊水军四位总管成贵、翟源、乔正、谢福救到船上。(，如欲知后事如何，请登6章节更多，支持作者，支持正版阅读！)